针对您提出的“有真实交易但开票主体不符”的问题，这确实是一个涉及财务、税务合规及法律风险的重要事项，需要谨慎处理。以下是我为您详细梳理的应对策略和预防措施：
一、开票方的应对策略
当月发现错误：
- 如果您在开具发票后的当月内发现开票主体（或发票上的其他关键信息，如商品名称、数量、金额等）与实际交易不符，您可以直接在开票系统中作废该发票，并重新开具一张与实际交易完全相符的发票。
- 作废发票时，请务必收回所有联次，并妥善保管，以备税务机关的查验。
跨月发现错误：
- 如果发现错误的时间已经跨月，对于普通发票，您需要在开票系统中开具红字发票来冲减原发票的金额，然后再重新开具一张正确的发票。
- 对于增值税专用发票，处理起来会稍微复杂一些。如果购买方尚未认证抵扣，您需要填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》，经税务机关校验通过后，再开具红字专用发票；如果购买方已经认证抵扣，则由购买方来填开并上传这个信息表，您根据这个信息表来开具红字专用发票。
避免恶意虚开发票：
- 故意开具与实际交易不符的发票，即虚开发票，是严重的违法行为。如果您不小心或故意虚开了发票，应立即停止这种行为，主动向税务机关坦白情况，积极配合调查，并补缴税款、滞纳金和罚款，以争取从轻处理。
二、发票取得方的应对策略
发现不符及时沟通：
- 作为发票的取得方，如果您发现收到的发票与实际交易不符，应第一时间与开票方联系，说明情况，并要求其重新开具一张正确的发票。
- 在沟通过程中，请保留好相关证据，如合同、交易记录等，以备不时之需。
已认证抵扣的处理：
- 如果您已经对不符的发票进行了认证抵扣，对于普通发票，您应退回这张不符的发票，待收到正确的发票后再进行账务处理。
- 对于增值税专用发票，您需要暂依《开具红字增值税专用发票信息表》所列的税额转出进项税额，待取得红字专用发票和正确的专用发票后，再一并作为记账凭证。
取得虚开发票的处理：
- 如果您善意取得了虚开的发票，应积极配合税务机关的调查，提供证明交易真实性的资料。
- 如果您能重新取得合法、有效的专用发票，那么您可以抵扣进项税款；否则，您不得抵扣或不予出口退税。
- 如果您恶意取得虚开发票用于骗取税款等违法目的，那么您将面临法律责任。
三、共同应对策略与预防措施
立即核查与沟通：
- 双方应仔细核对发票信息，确保与实际交易完全相符。如果发现任何差异，应立即沟通并请求更正。
合规性考虑与法律咨询：
- 确保您的交易完全符合税务法规和会计准则的要求。
- 如果问题复杂或涉及大量资金，建议您咨询专业律师或会计师，以获取具体的法律建议和解决方案。
税务申报与调整：
- 根据正确的发票信息进行税务申报和账务处理。
- 如果您之前基于错误的发票进行了申报或支付，那么您需要及时向税务机关报告，并进行相应的调整。
加强预防措施：
- 加强您的内部控制和审核流程，以避免类似问题再次发生。
- 在与供应商合作前，进行尽职调查，确保其信誉和合规性。
综上所述，开票与实际交易不符是一个需要开票方和取得方共同关注并谨慎处理的问题。通过遵循上述应对策略和预防措施，您可以有效降低由此产生的法律风险，并确保您的交易的合规性和安全性。希望这些建议能对您有所帮助！