结论前置：在乙方已履行全部合同义务且双方已签订合同终止协议的情况下，乙方通常仍有权要求结算，但具体能否实现需结合合同终止协议内容、合同履行情况及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、合同终止协议的效力与结算条款
若双方签订的合同终止协议中明确约定了结算条款，如“双方确认乙方已履行全部义务，甲方应于X日内支付剩余款项XX元”，则该条款具有法律效力，乙方可直接依据协议要求甲方结算。此时，合同终止协议视为对原合同的补充或变更，结算条款优先适用。
法律依据：根据《民法典》第五百五十七条，合同解除后，尚未履行的终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以请求恢复原状或采取其他补救措施，并有权请求赔偿损失。若终止协议中已对结算作出安排，则按协议执行。
二、合同终止协议未约定结算条款时的处理
若终止协议未提及结算，但乙方已实际履行全部合同义务（如交付货物、完成服务等），则乙方仍有权依据原合同要求结算。此时需分情况讨论：
原合同已明确结算条款：如原合同约定“乙方完成全部工作后，甲方应于验收合格后X日内支付尾款XX元”，则乙方可依据原合同条款要求结算。甲方不得以合同终止为由拒绝支付，否则构成违约。
原合同未明确结算条款：若原合同对结算时间、方式等未作约定，则乙方可与甲方协商补充约定；协商不成的，可依据《民法典》第五百一十条（合同补充约定）及第五百一十一条（价款或报酬约定不明时的处理）要求甲方按市场价格或行业惯例结算。
示例：甲乙签订买卖合同，乙方已交付全部货物且甲方已验收合格，但双方终止协议未提及付款。此时乙方可依据原合同“验收合格后支付尾款”的条款，要求甲方支付剩余货款。
三、甲方拒绝结算的抗辩与乙方应对
若甲方以合同已终止为由拒绝结算，乙方可采取以下措施：
核查终止协议内容：确认终止协议是否排除结算权利（如约定“双方互不追究”）。若未排除，则甲方抗辩不成立。
固定履行证据：收集货物交付凭证、验收单、沟通记录等，证明乙方已履行全部义务。
发送律师函或起诉：若协商无果，乙方可委托律师发送催款函，或直接向法院起诉要求结算。诉讼时效为3年，自乙方知道或应当知道权利受损之日起计算。
四、特殊情形：乙方未完全履行合同义务
若乙方在履行过程中存在瑕疵（如部分货物质量不合格），但双方仍签订终止协议且未提及结算，则需结合终止协议目的判断：
若终止协议旨在“了结双方权利义务”，且甲方未在协议中保留索赔权，则乙方仍有权要求结算，但甲方可能以“同时履行抗辩权”或“先履行抗辩权”要求乙方先承担违约责任。
若终止协议明确“乙方放弃结算权利”或“甲方保留索赔权”，则乙方可能丧失结算请求权。
建议：乙方在签订终止协议前，应仔细审查协议内容，确保自身结算权利不受损害；若存在争议，可要求在协议中明确结算条款或保留索赔权。
总结与行动建议
如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我将结合您的合同内容及实际情况提供详细建议。