结论前置：根据《民法典》的相关规定，对于建筑公司承建的违法建筑工程，其工程款确实可能不受法律保护，但具体是否保护需视违法情形及法律后果的严重程度而定。以下从不同角度进行详细分析：
一、违法建筑工程的认定
违法建筑工程，通常指的是未经规划许可、施工许可等法定程序，擅自建设的建筑物或构筑物。这类工程在建设过程中违反了国家关于城乡规划、建设施工等方面的法律法规，因此被认定为违法建筑。
二、工程款不受保护的法律情形
违反法律强制性规定的工程：
- 根据《民法典》第一百五十三条：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。”若建筑公司在承建过程中违反了法律、行政法规的强制性规定，如未取得施工许可证擅自施工，那么其与发包人之间签订的施工合同可能被认定为无效。合同无效后，建筑公司主张工程款可能面临法律障碍。
工程被依法认定为违法建筑并需拆除的：
- 若违法建筑工程被相关部门依法认定为违法建筑，并责令拆除或已经拆除，那么建筑公司因该工程产生的工程款可能无法得到法律保护。因为违法建筑本身不具有合法性，其建设过程中的投入（包括工程款）也不受法律保护。
建筑公司存在过错或违法行为导致工程款无法主张的：
- 若建筑公司在承建过程中存在过错或违法行为，如使用不合格材料、偷工减料等，导致工程质量不合格或存在安全隐患，那么其主张工程款时可能因自身过错而受到法律限制或惩罚。
三、工程款可能受保护的法律情形
违法情形轻微且未造成严重后果的：
- 若建筑公司的违法行为情节轻微，且未造成严重后果（如未影响城乡规划、未危害公共安全等），那么其与发包人之间签订的施工合同可能不被认定为完全无效。在此情况下，建筑公司仍有可能主张部分或全部工程款。
工程已投入使用且未被认定为违法建筑的：
- 若违法建筑工程在建成后已投入使用，且未被相关部门认定为违法建筑或未被责令拆除，那么建筑公司主张工程款时可能得到法律支持。但需注意，这并不意味着建筑公司的违法行为得到了法律认可，而是基于工程已实际投入使用并产生了一定价值的考虑。
四、法律建议
建筑公司应严格遵守法律法规：
- 在承建工程时，建筑公司应严格遵守国家关于城乡规划、建设施工等方面的法律法规，确保工程合法合规进行。避免因违法行为导致工程款无法主张或面临法律处罚。
及时办理相关手续：
- 建筑公司在承建工程前，应及时办理规划许可、施工许可等法定手续，确保工程具备合法性。这有助于降低法律风险并保障工程款的合法主张。
加强合同管理：
- 建筑公司应加强与发包人之间的合同管理，明确双方权利义务关系。在合同中约定工程款支付方式、时间等条款，并确保合同内容合法合规。这有助于在发生纠纷时维护自身合法权益。
寻求法律帮助：
- 若建筑公司在承建过程中遇到法律问题或纠纷，应及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助建筑公司维护自身合法权益。
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