个人之间签订的合同中，约定由一方公司注册地法院管辖的条款，在符合法律规定的情况下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据与有效性判断
协议管辖的合法性：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
- 在您所描述的情况中，个人之间签订的合同中约定由一方公司注册地法院管辖，若该公司注册地与争议有实际联系（例如，合同履行地、合同签订地或标的物所在地等在该注册地），且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，则该管辖约定是合法的。
实际联系的要求：
- 管辖协议必须与争议有实际联系。如果一方公司注册地与合同争议无任何实际联系，那么这样的管辖约定可能会被视为无效。例如，如果合同是在另一个城市签订和履行的，而仅仅因为一方公司的注册地在某个特定城市，就约定由该城市法院管辖，这可能不符合实际联系的要求。
不违反级别管辖和专属管辖：
- 级别管辖是指按照案件的性质、影响范围等因素，将案件划分给不同级别的法院管辖。专属管辖则是指某些特定类型的案件只能由特定的法院管辖。在约定管辖时，必须确保不违反这些规定。
实际应用中的注意事项
明确约定：
- 在合同中明确约定管辖法院，避免使用模糊或不确定的表述。例如，可以明确写明“双方同意，因本合同产生的任何争议，应提交至甲方公司注册地（具体地址）的人民法院管辖”。
考虑实际联系：
- 在选择管辖法院时，应考虑该法院与争议的实际联系。如果一方公司注册地与争议无实际联系，那么选择该地法院管辖可能会增加诉讼成本和风险。
遵守法律规定：
- 确保管辖约定不违反级别管辖和专属管辖的规定。如果违反这些规定，管辖约定可能会被法院认定为无效。
可能的法律后果
- 如果管辖约定有效，那么在发生争议时，双方应按照约定向指定的法院提起诉讼。
- 如果管辖约定无效，那么法院可能会根据法律规定确定管辖法院，这可能会导致诉讼成本的增加和诉讼时间的延长。
综上所述，个人之间签订的合同中约定由一方公司注册地法院管辖的条款，在符合法律规定（即与争议有实际联系且不违反级别管辖和专属管辖）的情况下是有效的。如果您在签订或履行合同过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。