医疗机构未按照规定保管普通处方的，将面临行政处罚，具体处罚措施依据相关法律法规确定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规依据
《处方管理办法》：
- 该办法明确规定了医疗机构应当按照安全、保密、方便的原则妥善保存处方，并设定了具体的保存期限。对于普通处方，医疗机构应当至少保存1年。
- 若医疗机构未按照规定保管处方，将违反《处方管理办法》的相关规定，从而面临行政处罚。
《医疗纠纷预防和处理条例》：
- 该条例强调了医疗机构在医疗活动中的管理责任，包括病历、处方等医疗文书的保管。
- 医疗机构若因未妥善保管处方等医疗文书，导致患者权益受损或引发医疗纠纷，将可能承担相应的法律责任。
二、可能的行政处罚
警告：
- 对于首次违规或情节较轻的医疗机构，卫生行政部门可能给予警告处罚，以提醒其改正错误。
罚款：
- 若医疗机构未按照规定保管处方且情节严重，卫生行政部门可能对其处以罚款。罚款的数额将根据违规情节的严重程度、造成的后果以及医疗机构的规模等因素综合确定。
其他处罚：
- 在某些情况下，卫生行政部门还可能采取其他处罚措施，如责令限期改正、暂停相关诊疗科目等，以促使医疗机构严格遵守相关规定。
三、法律后果与责任
民事责任：
- 若因医疗机构未妥善保管处方导致患者权益受损，患者有权要求医疗机构承担民事赔偿责任。这包括赔偿因处方丢失或损坏而导致的医疗费用增加、病情恶化等损失。
行政责任：
- 医疗机构未按照规定保管处方，除了可能面临上述行政处罚外，还可能影响其信誉和评级，进而对其运营和发展产生不利影响。
刑事责任（极端情况）：
- 在极端情况下，若医疗机构因未妥善保管处方导致严重后果（如患者死亡或严重残疾），且相关责任人员存在故意或重大过失，可能构成医疗事故罪或其他相关犯罪，从而面临刑事处罚。但这种情况较为罕见，且需要严格的证据支持。
四、建议与措施
加强内部管理：
- 医疗机构应建立健全处方保管制度，明确处方保管的责任人和流程，确保处方的安全、保密和方便查阅。
提高法律意识：
- 医疗机构及其工作人员应加强对相关法律法规的学习和理解，提高法律意识，确保在医疗活动中严格遵守法律规定。
及时整改与反馈：
- 若医疗机构发现存在未按照规定保管处方的情况，应及时进行整改，并向卫生行政部门反馈整改情况，以避免不必要的法律风险和损失。
作为专业律师，我建议医疗机构务必重视处方的保管工作，确保患者的权益得到充分保障。若您在医疗纠纷、医疗损害或医疗事故赔偿等方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。