结论：在交通事故导致工伤的情况下，公司一般不会因员工的工伤而直接遭受损失并主张赔偿，但员工在获得交通事故赔偿后，仍可依法主张工伤赔偿（医疗费用除外），这两者并不冲突。
一、交通事故赔偿与工伤赔偿的关系
双重赔付原则：
- 根据《工伤保险条例》及相关司法解释，职工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，且被认定为工伤的，可以享受工伤保险待遇。
- 同时，如果交通事故是由第三人造成的，职工还有权向第三人主张民事赔偿责任。这意味着，在符合条件的情况下，职工可以同时获得交通事故赔偿和工伤赔偿，但医疗费用不能重复获得。
法律依据：
- 《工伤保险条例》第十四条明确规定了工伤认定的情形，包括在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害。
- 《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第三条指出，因用人单位以外的第三人侵权造成劳动者人身损害，赔偿权利人请求第三人承担民事赔偿责任的，人民法院应予支持。
- 《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第八条进一步明确了在第三人侵权导致工伤的情形下，劳动者在获得民事赔偿后仍可享受工伤保险待遇，但第三人已经支付的医疗费用除外。
二、公司是否能主张赔偿
公司的一般立场：
- 在交通事故导致工伤的情况下，公司通常不会因员工的工伤而直接遭受损失并主张赔偿。公司的责任主要是按照《工伤保险条例》的规定，为员工缴纳工伤保险费，并在员工发生工伤时，协助员工申请工伤认定和享受工伤保险待遇。
特殊情况下的考虑：
- 如果员工在交通事故中存在故意或重大过失行为，且该行为与公司的工作安排或管理有关，公司可能会根据内部规章制度或劳动合同中的相关条款，对员工进行一定的纪律处分或要求员工承担部分责任。但这种情况并不常见，且需要具体分析。
三、员工的权益保护与行动建议
及时申请工伤认定：
- 员工在发生交通事故后，应及时向公司报告，并按照公司的要求或自行向社会保险行政部门申请工伤认定。工伤认定是享受工伤保险待遇的前提。
保留相关证据：
- 员工应保留与交通事故和工伤相关的所有证据，包括交通事故认定书、医疗证明、工伤认定决定书等。这些证据在后续申请工伤保险待遇或向第三人主张民事赔偿责任时将起到关键作用。
了解并主张自己的权益：
- 员工应了解自己的工伤保险待遇和民事赔偿权利，并在符合条件的情况下及时主张。如果公司在处理工伤事宜时存在违法行为或拒绝履行相关义务，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结来说，在交通事故导致工伤的情况下，公司一般不会主张赔偿，但员工可以依法享受双重赔付（医疗费用除外）。员工应及时申请工伤认定、保留相关证据，并了解并主张自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。