结论前置：工厂企业小时工旷工罚款两百是否合法不能一概而论，需分情况讨论。

1. 从罚款依据角度分析

   • 若企业有合法有效的规章制度作为依据：根据《劳动合同法》第四条规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果企业制定的规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，且该规章制度经过了上述民主程序制定并已公示或告知劳动者，同时罚款两百的金额在合理范围内（一般认为罚款金额不应超过劳动者当月工资的20%），那么企业因小时工旷工罚款两百可能是合法的。
   • 若企业没有合法有效的规章制度作为依据：企业直接对小时工旷工罚款两百缺乏法律依据，这种行为是不合法的。企业不能随意对劳动者进行罚款，否则劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求企业返还罚款。

2. 从罚款主体角度分析

   • 企业作为罚款主体：在我国，企业并非行政机关，不具有行政处罚权。除了上述依据合法有效的规章制度进行合理罚款的情况外，企业一般无权对劳动者进行罚款。所以如果企业没有合法依据而以自身名义对小时工旷工罚款两百，是不合法的。
   • 特殊情况：在某些特定行业，如建筑行业，一些地方政府可能会出台相关规定，允许企业在一定条件下对违反劳动纪律的劳动者进行罚款，但这种罚款也有严格的限制和程序要求。如果企业所在行业有此类特殊规定，且企业按照规定程序进行罚款，那么可能是合法的；反之则不合法。

3. 从罚款与工资扣除关系角度分析

   • 若从工资中扣除罚款：根据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。如果企业以旷工给企业造成损失为由，从小时工工资中扣除两百作为罚款，需要证明旷工确实给企业造成了相应损失，并且扣除金额符合上述规定，否则这种扣除罚款的行为不合法。
   • 若不从工资中扣除罚款，要求劳动者另行支付：如前面所述，企业缺乏行政处罚权，在没有合法有效规章制度依据的情况下，要求劳动者另行支付两百元罚款是不合法的。

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