结论前置：工厂在发现员工偷东西后未及时处理，三个月后想处理，这可能会面临一些法律上的挑战和限制。具体能否处理以及如何处理，需根据实际情况和法律规定来综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 时效性考虑：

   • 劳动纪律处分时效：一般来说，劳动纪律处分应当及时进行，以确保处分的公正性和有效性。如果工厂在发现员工偷窃行为后长时间未采取任何措施，可能会被视为对违纪行为的默许或纵容，从而影响后续处理的合法性和合理性。
   • 法律追诉时效：对于盗窃等违法行为，虽然法律上规定了追诉时效，但这一时效通常针对的是刑事犯罪行为，且由公安机关等司法机关进行追诉。工厂作为用人单位，其内部处理员工违纪行为并不直接受刑事追诉时效的限制，但应遵循及时、公正的原则。

2. 证据收集与保存：

   • 证据的重要性：在处理员工违纪行为时，证据是至关重要的。工厂需要收集并保存能够证明员工偷窃行为的证据，如监控录像、目击者证言、物品丢失记录等。
   • 证据的时效性：随着时间的推移，一些证据可能会逐渐消失或变得难以获取。因此，工厂在发现员工偷窃行为后应尽快收集并保存相关证据，以确保后续处理的顺利进行。

3. 处理方式的合法性：

   • 内部规章制度：工厂应依据内部规章制度对员工违纪行为进行处理。如果规章制度中明确规定了偷窃行为的处理方式和程序，工厂应严格按照规定执行。
   • 法律合规性：工厂在处理员工违纪行为时，必须确保处理方式的合法性和合规性。不得违反法律法规的规定，如侵犯员工合法权益、滥用职权等。

4. 后续处理建议：

   • 及时沟通：如果工厂在发现员工偷窃行为后因故未能及时处理，现在想要处理，建议首先与员工进行沟通，了解其态度和想法，并尝试通过协商解决问题。
   • 依据规章制度处理：如果沟通无果，工厂应依据内部规章制度对员工进行处理。在处理过程中，应确保程序的公正性和透明性，避免引起不必要的纠纷。
   • 寻求法律支持：如果员工对处理结果不满或提出异议，工厂可以寻求法律支持，如咨询专业律师或申请劳动仲裁等，以维护自身合法权益。

特殊情况说明：如果员工偷窃行为已经构成犯罪（如盗窃数额较大或多次盗窃等），工厂应及时向公安机关报案，由司法机关依法追究其刑事责任。在这种情况下，工厂的内部处理应与司法机关的处理相协调，避免重复处理或冲突。

总结与提醒：工厂在处理员工违纪行为时，应遵循及时、公正、合法的原则。如果发现员工偷窃行为后未能及时处理，现在想要处理，应谨慎考虑时效性、证据收集与保存、处理方式的合法性等因素，并依据实际情况和法律规定来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。