结论前置：用公司签订的协议，在一般情况下，不能直接起诉签订协议的个人，但存在例外情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：合同相对性
在合同法中，有一个基本原则叫做“合同相对性”。这意味着合同主要约束签订合同的双方，即公司和与之签订协议的个人。根据这一原则，如果公司想要基于协议提起诉讼，它通常只能起诉与之签订协议的另一方，也就是个人（如果个人是协议的签约方）。然而，这并不意味着在所有情况下都不能起诉个人，关键在于协议的具体内容和签订背景。
二、例外情况：个人需承担责任的情形
个人作为合同主体：
- 如果个人在协议中明确作为合同的一方，并承担了相应的权利和义务，那么公司当然可以基于协议起诉该个人。
个人代表公司签订协议但存在过错：
- 如果个人在代表公司签订协议时，超越了其代理权限或存在故意隐瞒、欺诈等行为，导致公司遭受损失，公司可能可以基于侵权责任法或其他相关法律规定，起诉该个人要求赔偿。但这种情况下的法律关系并非直接基于协议，而是基于个人的过错行为。
个人与公司存在混同或个人财产与公司财产混同：
- 在某些情况下，如果个人与公司存在混同（如一人有限责任公司中股东与公司财产混同），或者个人财产与公司财产混同，导致公司无法独立承担民事责任，那么公司债权人（包括基于协议的相对方）可能可以穿透公司面纱，直接起诉个人要求承担责任。但这需要满足一定的法律条件，并经过严格的法律程序。
三、实际操作建议
- 审查协议内容：首先，应仔细审查协议的内容，确定个人在协议中的地位和责任。
- 收集证据：如果认为个人需要承担责任，应收集相关证据，如协议文本、个人行为记录、公司损失证明等。
- 咨询专业律师：由于法律问题复杂多变，建议在采取任何法律行动前咨询专业律师，以确保行动的合法性和有效性。
总结来说，用公司签订的协议直接起诉签订协议的个人，在一般情况下是不被允许的，除非个人在协议中明确作为合同一方或存在其他需要承担责任的情形。如果您对此类问题有进一步的疑问或需要具体的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。