结论：能否直接起诉公司，需根据具体情况判断，主要看协议签订主体、实际用工关系及公司是否为实际受益人等因素。以下从不同角度为你详细分析：
一、协议签订主体与实际用工关系
- 若协议是与个人签订，但实际工作由公司安排、管理，且公司是实际用工单位
- 法律分析：根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》规定，用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：(一)用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；(二)用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；(三)劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。在这种情况下，即便协议是与个人签订，但实际用工关系存在于你和公司之间，公司应承担用人单位的责任。
- 建议：你可以先收集能证明实际用工关系存在于你和公司之间的证据，如工作证、工作服、考勤记录、工资支付记录（银行流水等）、公司安排工作的聊天记录或邮件等。有了这些证据后，你可以先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，确认与公司存在劳动关系，之后再根据仲裁结果，若公司存在拖欠工资、未缴纳社保等违法行为，你可以直接起诉公司要求其承担相应责任。
- 若协议是与个人签订，个人与公司是合作关系，你受个人雇佣，公司只是提供工作场所或部分工作条件
- 法律分析：此时你与个人之间形成雇佣关系，与公司之间不存在劳动关系。根据合同相对性原则，你只能依据与个人签订的协议，向个人主张权利，而不能直接起诉公司。
- 建议：你需要收集与个人签订的协议、个人安排工作的记录、支付报酬的凭证等证据，向个人主张权利，如要求个人支付拖欠的报酬、赔偿因违约造成的损失等。如果个人拒不履行义务，你可以向法院提起民事诉讼。
二、公司是否为实际受益人
- 若公司是实际受益人，且存在过错
- 法律分析：在某些情况下，虽然协议是与个人签订，但公司作为实际受益人，如果其在整个过程中存在过错，比如明知个人没有用工主体资格仍安排你工作，或者对个人的违法行为存在指示、纵容等行为，根据《民法典》相关规定，公司可能需要承担相应的赔偿责任。
- 建议：你需要收集能证明公司是实际受益人以及公司存在过错的证据，如公司参与工作安排的会议记录、公司对个人违法行为的知情且未制止的证据等。在这种情况下，你可以将个人和公司列为共同被告，向法院提起诉讼，要求他们共同承担赔偿责任。
- 若公司不是实际受益人，且无过错
- 法律分析：如果公司只是出于好心提供工作场所等便利，并非实际受益人，且在整个过程中不存在任何过错，那么公司一般不需要承担责任。
- 建议：此时你只能依据与个人签订的协议，向个人主张权利。
最后提醒：劳动纠纷案件情况往往比较复杂，证据的收集和固定至关重要。如果你在处理过程中遇到困难或有任何疑问，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。