商户在楼顶搭广告牌是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、合法搭建的情形
取得相关审批手续：
- 如果商户在搭建广告牌前，已经按照相关规定向城市管理部门、规划部门等申请并获得了搭建许可，且广告牌的搭建符合城市规划、建筑安全、消防安全等要求，那么这种搭建行为是合法的。
符合业主共同决定事项：
- 若楼顶属于业主共有部分，根据《民法典》的相关规定，业主共同决定事项应当由专有部分面积占比三分之二以上的业主且人数占比三分之二以上的业主参与表决，并应当经参与表决专有部分面积过半数的业主且参与表决人数过半数的业主同意。如果商户在搭建广告牌前，已经取得了符合上述比例的业主同意，且广告牌的搭建不损害其他业主的合法权益，那么这种搭建行为也是合法的。
二、非法搭建的情形
未取得审批手续：
- 如果商户在未取得相关审批手续的情况下擅自搭建广告牌，那么这种行为是违法的。城市管理部门有权责令其限期拆除，并可能处以罚款等行政处罚。
损害业主合法权益：
- 即使商户取得了部分业主的同意，但如果广告牌的搭建损害了其他业主的合法权益，如影响采光、通风、安全等，那么这种搭建行为也是不合法的。受损业主有权要求商户停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等。
违反城市规划或建筑安全要求：
- 如果广告牌的搭建违反了城市规划或建筑安全要求，如超出规定高度、占用消防通道等，那么这种搭建行为同样是违法的。相关部门有权要求商户进行整改或拆除。
三、法律建议
- 商户在搭建广告牌前，应充分了解并遵守相关法律法规和规定，确保取得必要的审批手续和业主同意。
- 在搭建过程中，应严格按照审批要求和建筑安全标准进行施工，确保广告牌的安全性和稳定性。
- 如遇纠纷或投诉，商户应积极与相关部门和业主沟通协商，寻求合理解决方案。如无法协商解决，可寻求法律途径维护自身合法权益。
总结来说，商户在楼顶搭广告牌是否合法，取决于是否取得相关审批手续、是否符合业主共同决定事项以及是否损害业主合法权益等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。