直接撤销企业的行政许可是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度详细分析：
一、可以撤销且应当撤销的情形（行政机关违法）
滥用职权、玩忽职守作出准予行政许可决定的
- 若行政机关工作人员在行使职权过程中，因不正当目的或严重不负责任，如收受贿赂后批准不符合条件的申请，该行政许可决定可以被撤销。例如，某行政机关工作人员因收受企业贿赂，违规批准了该企业的危险化学品经营许可，后被发现，该许可即应被撤销。
超越法定职权作出准予行政许可决定的
- 行政机关必须在法律授权的范围内行事。若其超出了法定的职权范围，如县级主管部门擅自审批应由省级以上部门审批的特种行业经营许可，该行政许可决定无效，应予撤销。比如，县级市场监管部门擅自审批了应由省级市场监管部门审批的医疗器械生产许可，该许可即应被撤销。
违反法定程序作出准予行政许可决定的
- 行政许可的授予必须严格遵循法定程序，包括公示、听证等步骤。若行政机关在办理过程中违反了这些程序规定，所作出的行政许可决定同样可以被撤销。例如，某行政机关在审批某企业的环保许可时，未按规定进行公示和听证，直接作出了批准决定，后被发现程序违法，该许可即应被撤销。
对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的
- 行政机关在审查行政许可申请时，必须严格按照法定条件进行审核。若对不符合条件的申请人错误地给予了行政许可，如向未通过国家统一法律职业资格考试的人发放律师执业证，该许可在事后被发现时应予撤销。
二、可以撤销但被许可人违法的情形
- 被许可人以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的
- 若被许可人在申请过程中通过提供虚假材料、隐瞒真实情况或行贿等不正当手段骗取行政许可，如企业提交虚假的环保检测报告以获得环保达标许可证，该行政许可同样应予撤销。这种情况下，撤销许可不仅是对违法行为的惩罚，也是维护市场秩序和公共利益的必要措施。
三、应当不予撤销的情形
- 撤销行政许可，可能对公共利益造成重大损害的
- 在某些情况下，尽管行政许可存在上述可撤销的事由，但若撤销该许可将导致公共利益受到严重不利影响，如撤销某自来水供应企业的供水许可可能导致城市居民大面积停水，此时为了维护公共利益，该行政许可不应被撤销。这种情况下，行政机关可能会采取其他措施来纠正违法行为，如罚款、责令整改等，而不是直接撤销许可。
四、法律建议
- 对于企业而言，若认为其行政许可被不当撤销，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
- 对于行政机关而言，在作出撤销行政许可决定时，必须严格遵守法律规定，确保程序合法、事实清楚、证据充分，避免滥用职权或侵犯企业合法权益。
总结来说，直接撤销企业的行政许可是否合法，取决于撤销的原因和程序是否符合法律规定。若存在上述可以撤销的情形，且撤销程序合法，则撤销行为是合法的；反之，则可能构成违法。若您对此有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。