违法建设处罚罚款的计算，通常是按照违建部分来进行的，但具体还需结合违建的性质、情节以及相关法律法规的规定来综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、罚款计算的一般原则
在违法建设处罚中，罚款的计算往往与违建部分直接相关。这主要是因为违建部分是违法行为的直接体现，也是行政处罚的主要对象。一般来说，行政机关会根据违建部分的面积、结构、用途等因素，结合相关法律法规的规定，来确定罚款的具体数额。
二、不同情况下的罚款计算
违建部分明确且可分割的情况：
- 如果违建部分明确且可以与合法部分进行分割，那么罚款通常会仅针对违建部分进行计算。例如，一栋建筑中只有部分楼层或房间是违建的，那么罚款就只会针对这些违建的楼层或房间进行计算。
违建部分与合法部分难以分割的情况：
- 如果违建部分与合法部分难以分割，或者违建行为对整体建筑的安全性、使用功能等产生了严重影响，那么罚款的计算可能会更加复杂。在这种情况下，行政机关可能会考虑违建部分对整体建筑的影响程度，以及违建行为的性质、情节等因素，来综合确定罚款的数额。
特定法律法规下的罚款计算：
- 不同的法律法规可能对违法建设的罚款计算有不同的规定。例如，《城乡规划法》第六十四条规定：“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。”这里的罚款计算就明确与建设工程造价相关，而建设工程造价往往与违建部分的规模、结构等因素有关。
三、罚款计算的注意事项
行政机关的自由裁量权：
- 在违法建设处罚中，行政机关享有一定的自由裁量权。这意味着在法律法规规定的范围内，行政机关可以根据违建的具体情况，如违建部分的面积、结构、用途、违建行为的性质、情节等，来灵活确定罚款的数额。
罚款与补办手续的关系：
- 缴纳罚款并不意味着违建部分就合法化了。在缴纳罚款后，违建者可能还需要根据行政机关的要求，采取改正措施，如补办手续以使建筑合法化（在符合条件的情况下可以补办），或者拆除违建等。如果违建者未按要求进行处理，那么违建仍将面临进一步的处置措施。
四、建议
如果您面临违法建设处罚的问题，建议您及时咨询专业的法律人士，如我——郭奕飞律师，我专注于婚姻家庭、刑事辩护、经济纠纷、房产纠纷、合同纠纷、公司事务等领域，能够为您提供专业的法律建议和帮助。同时，您也需要积极配合行政机关的调查和处理工作，按照要求采取改正措施，以减轻或避免可能的法律后果。