核心结论：三年后补签劳动合同，用人单位是否需赔偿及赔偿方式，需根据补签合同的具体情况、劳动者是否主张权益等因素综合判断，常见情况如下：

1. 若补签合同能覆盖之前未签的期间，且劳动者无异议
   根据《劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍工资。但若双方在三年后补签劳动合同时，将合同期限倒签至实际用工之日（即覆盖了之前未签合同的期间），且劳动者明确表示放弃追索未签合同期间二倍工资的权利（通常通过书面协议或合同条款体现），则用人单位无需再支付二倍工资差额。
   法律依据：《劳动合同法实施条例》第六条、第七条（虽未直接规定补签效力，但司法实践中普遍认可“倒签”且劳动者无异议时，用人单位可免责）。

2. 若补签合同未覆盖之前未签的期间，或劳动者主张权益
   若补签合同未将期限倒签至实际用工之日（例如仅从补签日起算），或劳动者明确拒绝放弃追索未签合同期间的二倍工资，则用人单位仍需支付自用工之日起满一个月的次日至补签前一日的双倍工资差额。
   计算方式：以劳动者实际工资为基数，按未签合同的月数计算（最长不超过11个月，因超过一年未签合同视为已订立无固定期限劳动合同）。
   示例：若劳动者月工资5000元，未签合同3年（36个月），但超过1年后视为已订立无固定期限劳动合同，故仅需支付前11个月的双倍工资差额，即5000×11=55000元。

3. 若补签合同存在其他违法情形（如期限违法、条款违法）
   即使补签了合同，若合同内容违反《劳动合同法》强制性规定（如试用期约定违法、未缴纳社保、未支付加班费等），劳动者仍有权要求用人单位承担相应法律责任（如补缴社保、支付加班费、赔偿金等），与“补签”行为本身无关。

建议：

• 对劳动者：若发现用人单位未及时签合同，应及时主张权利（通常需在1年内申请劳动仲裁），避免因补签合同而丧失追索机会；若已补签，需仔细审查合同条款，确保自身权益不受侵害。
  
• 对用人单位：应自用工之日起1个月内与劳动者签订书面合同，避免支付双倍工资；若已逾期，补签时尽量与劳动者协商倒签期限，并留存劳动者放弃追索的书面证据。
  

如有具体案件细节（如工资标准、补签合同内容等），可进一步向我咨询，我会结合证据为您详细分析。