物业限制商铺每次只充50元物业费的行为，在大多数情况下是违法的，除非物业能证明该限制行为是基于合理的物业管理需要且未损害业主的合法权益。以下从多个角度进行分析：
法律依据
《中华人民共和国民法典》：
- 物业服务合同应明确服务事项、服务质量、服务费用的标准和收取办法等。但物业费收取通常不应设置不合理限制，尤其是针对充值金额的限制，这可能违反了合同自由原则和公平原则。
《物业管理条例》：
- 物业服务企业应按照物业服务合同的约定，提供相应的服务，并收取服务费用。若物业合同中未明确规定充值金额的限制，则物业无权擅自设置此类限制。
合理性判断
侵害业主权利：
- 物业限制每次只能充50元物业费，可能侵犯了业主的自主选择权，给业主的经营带来不便。对于物业费需求较大的商铺业主，这种限制可能导致频繁充值，增加管理成本和时间成本。
物业管理需要：
- 若物业能够证明限制行为是基于合理的物业管理需要（如防止恶意欠费、确保物业费及时回收等），且未损害业主的合法权益，则该行为可能具有一定的合理性。但在实践中，这种合理性的证明往往较为困难，且需要物业提供充分的证据支持。
可能的法律后果
行政处罚：
- 若物业的行为违反了相关法律法规，房地产管理部门或相关监管机构可能对物业进行行政处罚，如罚款、警告等。
民事纠纷：
- 业主与物业之间可能因此产生民事纠纷，业主有权要求物业停止不合理的限制行为，并可能要求物业赔偿因此造成的损失。
建议与措施
沟通协商：
- 业主应先与物业进行沟通协商，要求其停止不合理的限制行为，并明确物业费充值的具体规定和依据。
投诉举报：
- 若协商无果，业主可向当地的房地产管理部门、消费者协会或相关监管机构进行投诉举报，以维护自己的合法权益。
法律途径：
- 在必要时，业主也可通过法律途径寻求救济，如提起诉讼或申请仲裁等。在诉讼或仲裁过程中，业主需要提供充分的证据证明物业的行为违法或不合理，并要求物业承担相应的法律责任。
综上所述，物业限制商铺每次只充50元物业费的行为在大多数情况下是违法的。业主在遇到此类问题时，应积极采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。