核心结论：能否将与村里签的种植协议通过补充协议改成建厂房，需分情况讨论，具体如下：

1. 若原协议无特殊限制且符合土地规划与审批要求
   若原种植协议未明确约定土地用途不可变更，且拟建厂房的土地性质符合《土地管理法》中建设用地要求（如原为集体建设用地或已依法办理农用地转用审批），则双方可通过协商签订补充协议变更用途。但需注意：

   • 审批流程：根据《城乡规划法》，需向乡镇政府或县级自然资源部门申请办理乡村建设规划许可证；
     
   • 合同效力：补充协议内容不得违反法律强制性规定（如禁止占用永久基本农田），否则可能被认定无效；
     
   • 补偿条款：若原协议涉及土地流转费用或种植收益分配，需在补充协议中明确变更后的补偿方案，避免纠纷。

2. 若原协议明确禁止用途变更或土地性质不符

   • 协议限制：若原协议中已载明“土地用途仅限种植，不得擅自改变”等条款，则单方要求变更可能构成违约，需与村集体协商解除原协议并重新签订；
     
   • 土地性质障碍：若土地为农用地（如耕地、林地），根据《土地管理法》第四十四条，需依法办理农用地转用审批手续，未获批前擅自建厂房可能面临行政处罚（如责令拆除、罚款）；
     
   • 集体决策程序：根据《村民委员会组织法》，涉及土地承包经营方案调整需经村民会议三分之二以上成员或村民代表同意，否则补充协议可能因程序违法被撤销。

操作建议：

1. 核查原协议条款，确认是否存在用途限制及违约责任约定；
   
2. 向当地自然资源部门查询土地规划用途，确认是否符合建厂房条件；
   
3. 与村集体协商，按法定程序召开村民会议并留存书面决议；
   
4. 补充协议中明确约定审批责任（如由哪方负责办理手续）、违约赔偿等条款。
   

若涉及复杂土地性质或审批流程，可进一步向我咨询具体操作细节。