关于“因迟到扣除年终奖是否合法”的问题，这需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。
首先，我们要明确的是，年终奖的发放通常与公司的规章制度、劳动合同以及员工的实际表现有关。如果公司在规章制度或劳动合同中明确规定了年终奖的发放条件，并且这些条件中包含了迟到等考勤因素，那么公司根据这些规定扣除年终奖可能是合法的。但前提是，这些规章制度必须经过民主程序制定，并且已经公示或告知了劳动者，同时不得擅自变更劳动合同的约定。
然而，如果公司没有在规章制度或劳动合同中明确规定年终奖与迟到等考勤因素的关联，或者这些规定没有经过民主程序制定、没有公示或告知劳动者，那么公司单方面因迟到扣除年终奖就可能存在合法性瑕疵。
此外，我们还需要考虑迟到是否达到了公司规定的严重程度。如果迟到次数很少，且并未对公司造成实质性影响，那么公司因此扣除全部年终奖可能显得过于严苛，也不符合公平合理的原则。
为了维护自己的合法权益，我建议您采取以下措施：
收集证据：收集入职时的offer、劳动合同、公司规章制度、考勤记录等相关证据，以证明自己的权益。
与公司协商：尝试与公司进行协商，了解公司扣除年终奖的具体原因和依据，并表达自己的诉求和意见。
申请劳动仲裁：如果协商无果，您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司出示年终奖的发放依据和扣除年终奖的合法性证明。
寻求法律援助：如果您对劳动仲裁结果不满意或认为自己的权益受到了严重侵害，还可以寻求法律援助或向法院提起诉讼。
总之，因迟到扣除年终奖是否合法需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。如果您认为自己的权益受到了侵害，建议采取上述措施来维护自己的合法权益。