骗取贷款罪中由担保公司代偿的部分，在认定损失时，通常可以将该代偿金额作为损失的一部分进行考量，但具体认定需结合案件实际情况和法律规定进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律背景与原则
在骗取贷款罪中，损失的认定是定罪量刑的重要依据之一。根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，骗取贷款罪是指以欺骗手段取得银行或者其他金融机构贷款，给银行或者其他金融机构造成重大损失或者有其他严重情节的行为。这里的“重大损失”通常指的是直接经济损失，包括但不限于贷款本金无法收回、利息损失以及因追讨贷款而产生的合理费用等。
二、担保公司代偿与损失认定的关系
代偿行为的性质：担保公司代偿是担保公司根据与银行或其他金融机构签订的担保合同，在借款人无法按时偿还贷款时，由担保公司代为偿还贷款本金及利息的行为。这种代偿行为在法律上视为担保公司履行了其担保责任。
代偿金额与损失的关系：在骗取贷款罪中，如果担保公司已经代偿了部分或全部贷款本金及利息，那么这部分代偿金额在认定银行或其他金融机构的损失时，通常会被考虑在内。因为担保公司的代偿行为实际上减轻了银行或其他金融机构的直接经济损失。然而，这并不意味着代偿金额就完全等同于银行或其他金融机构的损失，因为还需要考虑其他因素，如代偿后担保公司对借款人的追偿权、代偿过程中产生的合理费用等。
三、损失认定的具体考量因素
代偿金额的合理性：在认定损失时，需要审查担保公司代偿的金额是否合理，是否超过了其应承担的担保责任范围。如果代偿金额过高或过低，都可能影响损失的准确认定。
代偿后的追偿情况：如果担保公司在代偿后成功向借款人追偿了部分或全部代偿金额，那么这部分追偿金额应从银行或其他金融机构的损失中扣除。因为追偿行为实际上减少了银行或其他金融机构的实际损失。
其他相关费用：除了贷款本金及利息外，银行或其他金融机构因追讨贷款而产生的合理费用（如律师费、诉讼费等）也应纳入损失认定的范围。如果这些费用已经由担保公司承担或部分承担，同样需要在认定损失时进行相应调整。
四、实际操作中的建议
详细审查合同与证据：在处理此类案件时，应详细审查贷款合同、担保合同以及相关代偿凭证等证据材料，以准确认定代偿金额及银行或其他金融机构的实际损失。
综合考虑多种因素：在认定损失时，应综合考虑代偿金额的合理性、代偿后的追偿情况以及其他相关费用等因素，以确保损失认定的准确性和公正性。
咨询专业律师：由于骗取贷款罪涉及复杂的法律问题和证据认定，建议在处理此类案件时咨询专业律师的意见，以确保案件的顺利处理和合法权益的维护。不过，你目前有相关问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出更详尽的法律建议。
综上所述，骗取贷款罪中由担保公司代偿的部分在认定损失时通常会被考虑在内，但具体认定需结合案件实际情况和法律规定进行综合判断。