在合同约定的逾期支付违约金过低的情况下，您确实可以主张以LPR（贷款市场报价利率）为基础计算损失，但具体能否得到支持，还需结合实际情况和法律规定进行判断。以下是对此问题的详细分析：
法律依据：
- 根据《民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。若约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。
- 《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条也明确规定，买卖合同没有约定逾期付款违约金或者该违约金的计算方法，出卖人以买受人违约为由主张赔偿逾期付款损失，且违约行为发生在2019年8月20日之后的，人民法院可以违约行为发生时中国人民银行授权全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率（LPR）标准为基础，加计30—50%计算逾期付款损失。虽然该条款直接针对的是买卖合同，但其中的原则性规定对于其他类型的合同纠纷也具有一定的参考价值。
实际操作建议：
- 收集证据：在主张以LPR为基础计算损失时，您需要收集并保留相关证据，如合同文本、付款记录、催款通知等，以证明对方确实存在逾期支付的行为，以及您因此遭受的损失。
- 计算损失：根据违约行为发生时的LPR水平，结合合同约定的付款期限和逾期时间，您可以初步计算出逾期付款损失。但具体比例（如是否加计30%-50%）可能需要根据实际情况和法院的判断来确定。
- 提起诉讼或仲裁：若双方无法就损失赔偿达成一致，您可以考虑通过诉讼或仲裁的方式来解决纠纷。在诉讼或仲裁过程中，您可以向法院或仲裁机构提出以LPR为基础计算损失的请求，并提交相关证据支持您的主张。
可能遇到的挑战：
- 合同约定优先：如果合同中明确约定了逾期支付违约金的计算方法，且该约定并不违反法律、行政法规的强制性规定，那么法院或仲裁机构可能会优先适用合同中的约定。
- 损失证明难度：在实际操作中，证明因对方逾期支付而遭受的具体损失可能存在一定的难度。因此，您需要尽可能收集充分的证据来支持您的主张。
总结来说，虽然合同约定的逾期支付违约金过低时，您可以主张以LPR为基础计算损失，但具体能否得到支持还需结合合同约定、实际情况和法律规定进行判断。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。