直接损失的认定通常以案发时未归还的贷款本金数额为准，但需结合具体情节综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 基本认定原则
   根据《刑法》及相关司法解释，违法发放贷款罪中的”直接经济损失”一般指案发时借款人尚未归还的贷款本金。若案发时260万贷款均未归还，则直接损失原则上认定为260万；若已部分归还（如归还40万），则直接损失为剩余220万。核心依据是案发时点的实际未归还本金，而非贷款总额或利息损失。

2. 案发后归还的影响
   案发后归还的款项通常不影响直接损失的初始认定，但可能作为量刑情节考虑。例如：

   • 若案发后立即归还全部260万，法院可能认定”造成特别重大损失”的情节较轻，在量刑时从宽处理；
     
   • 若部分归还（如归还100万），直接损失仍按案发时未归还的160万认定，但归还部分可能作为悔罪表现减轻处罚。
     关键点：归还行为不能逆转直接损失的认定，但可能影响刑罚轻重。

3. 特殊情形下的调整
   若存在以下情况，直接损失的认定可能调整：

   • 贷款用途违法：如贷款用于非法活动（如赌博、贩毒），即使案发后归还，也可能全额认定直接损失；
     
   • 担保无效：若贷款无有效担保或担保物价值不足，且借款人无偿还能力，直接损失可能按贷款总额认定；
     
   • 恶意串通：若银行工作人员与借款人恶意串通发放贷款，即使案发后归还，也可能全额认定直接损失并追究共同犯罪责任。
     原则：直接损失的认定需结合贷款合法性、担保有效性及主观恶意综合判断。

4. 实务建议

   • 若涉及此类案件，建议立即整理贷款合同、还款凭证、担保文件等证据，明确案发时未归还本金数额；
     
   • 案发后积极归还贷款可争取从宽处理，但需注意归还时间节点（如立案前归还效果更佳）；
     
   • 若对直接损失认定有异议，可申请司法审计或委托专业机构评估损失范围。
     

总结：直接损失的认定以案发时未归还本金为基准，但需结合贷款合法性、担保情况及主观恶意综合判断。案发后归还行为不影响初始认定，但可能影响量刑。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。