违法发放贷款罪的损失认定是一个涉及多个方面的复杂问题，以下是对此问题的详细解答：
一、损失的界定与认定标准
在违法发放贷款罪中，“损失”主要指的是因违法发放贷款行为而直接导致的资金无法收回、资产贬值或灭失等经济损害。这种损失主要包括贷款本金和利息的无法收回部分，即直接经济损失。而间接经济损失，如银行信誉受损、客户流失等潜在利益减少，虽然也可能存在，但其认定更为复杂，且需综合考量。
根据相关法律规定，如《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》，个人违法发放贷款造成直接经济损失数额在50万元以上的，或者单位违法发放贷款造成直接经济损失数额在100万元以上的，应予立案追诉。
二、损失认定的时间节点
损失认定的时间节点在司法实践中具有重要意义。一般来说，损失认定的时间节点主要分为侦查终结前和审判阶段：
侦查终结前：在这个阶段，通过处置抵押物、向保证人追偿等手段仍无法收回的贷款部分，可以初步认定为实际损失。这是因为在侦查阶段，司法机关会尽可能采取各种措施来挽回损失，以确定最终无法收回的贷款数额。
审判阶段：在审判阶段，如果出现新情况导致贷款收回情况发生变化，法院将根据实际情况重新认定损失。这意味着，即使在侦查阶段已经初步认定了损失，但在审判阶段仍有可能根据新证据或新情况对损失进行重新认定。
三、扣除范围与计算方法
在认定损失时，还需要考虑扣除范围和计算方法。具体来说：
扣除范围：在认定损失时，应扣除已收回的本金和利息、抵押物变现价值、保证人代偿金额等。这些部分不属于因违法发放贷款而导致的实际损失。
计算方法：损失的计算方法可以根据具体情况选择账面价值法、市场价值法或协商定价法。账面价值法简单明了，但可能不完全反映实际情况；市场价值法更贴近实际，但需要专业评估；协商定价法适用于解决争议和达成和解。
四、注意事项
在损失认定的过程中，还需要注意以下几点：
严格区分合法贷款与违法贷款：在认定损失时，应严格区分合法贷款与违法贷款之间的界限。只有因违法发放贷款而导致的损失才能计入违法发放贷款罪的损失范围。
考虑不可抗力因素：在认定损失时，应谨慎考虑借款人恶意逃债、自然灾害等不可抗力因素导致的损失是否计入违法发放贷款罪的损失范围。这些因素可能导致贷款无法收回，但与违法发放贷款行为本身无直接关联。
综上所述，违法发放贷款罪的损失认定是一个综合性问题，需要综合考虑多个方面的因素和证据。在实际操作中，应根据具体情况灵活处理，并严格遵循法律法规和专业规范。