违法发放贷款立案后，挽回损失的处理方式需结合刑事追责与民事追偿程序同步推进，具体分为以下两种路径：

一、刑事程序中的损失挽回：追缴、退赔与罚金优先

1. 追缴违法所得
   根据《刑法》第六十四条，公安机关立案后会对违法发放贷款的直接责任人（如银行工作人员）的违法所得（如回扣、贿赂等）进行追缴，直接返还给金融机构或被害人，减少实际损失。

2. 责令退赔损失
   若贷款已发放且无法追回，法院在判决时会根据《刑法》第三十六条，责令犯罪嫌疑人向金融机构退赔剩余损失。例如，若贷款本金1000万元，已追回300万元，则需退赔700万元。

3. 罚金刑的补充作用
   对违法发放贷款的责任人可并处或单处罚金（如《刑法》第一百八十六条），罚金上缴国库后，部分地区会按比例返还给受损金融机构，但此路径依赖地方财政政策，非法定直接补偿。

二、民事程序中的损失追偿：独立诉讼与执行衔接

1. 金融机构主动起诉借款人
   即使刑事立案，金融机构仍可单独提起民事诉讼，要求借款人偿还贷款本金及利息。例如，借款人以虚假材料骗取贷款，金融机构可依据《民法典》第一百四十八条主张合同无效，要求返还财产。

2. 刑事附带民事诉讼的局限性
   根据《刑诉法解释》第一百七十五条，违法发放贷款案中，金融机构通常不能通过刑事附带民事诉讼追偿，需单独提起民事诉讼，但可申请中止审理，待刑事判决确认事实后恢复审理。

3. 执行阶段的优先受偿权
   若借款人财产不足以清偿全部债务，金融机构可依据《民法典》第三百九十二条，主张对抵押物优先受偿；若涉及保证人，可同时起诉保证人承担连带责任，扩大追偿范围。

三、关键操作建议：时效与证据并重

1. 及时申请财产保全
   在民事诉讼中，金融机构应在起诉后立即申请冻结借款人、担保人名下财产（如银行账户、房产），防止资产转移，为后续执行提供保障。

2. 刑事判决作为民事证据
   刑事判决中认定的“违法发放贷款”“借款人虚构事实”等事实，可直接作为民事诉讼中的证据，降低金融机构举证难度，加速追偿进程。

3. 关注诉讼时效
   民事诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算。若刑事程序耗时较长，需在时效内提起民事诉讼，避免丧失胜诉权。

总结：违法发放贷款立案后，损失挽回需刑事追责与民事追偿“双管齐下”。刑事程序通过追缴、退赔减少损失，民事程序通过独立诉讼实现全额追偿，二者在证据、执行层面可相互支持。建议金融机构同步推进刑事报案与民事起诉，并优先申请财产保全，最大限度保障权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。