结论：公司员工和客户签协议没有公司公章，该协议是否受法律保护，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
协议效力的一般原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。这意味着，合同的效力并不完全取决于是否加盖了公章，而是取决于合同的内容是否合法、双方当事人的意思表示是否真实等。
- 公章是公司对外表示意思的重要工具，加盖公章通常意味着公司对合同内容的认可和承担相应责任。然而，没有加盖公章并不意味着合同就一定无效。
员工代表公司签约的情况：
- 如果员工在签约时具有公司的明确授权，如持有公司的授权委托书或在职权范围内行事，那么即使协议上没有加盖公司公章，该协议仍然可能对公司产生法律效力。因为此时员工的行为被视为公司的行为，公司应当承担由此产生的法律后果。
- 但如果员工没有公司的明确授权，或者超越了职权范围签约，那么该协议可能对公司不产生法律效力，除非公司事后追认或实际履行了该协议。
客户方的认知与信赖：
- 如果客户在签约时并不知道员工没有加盖公章的权限，且基于对员工身份或职位的信赖而签订了协议，那么根据表见代理的原则，该协议可能仍然对公司产生法律效力。表见代理是指行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。
- 然而，如果客户明知员工没有加盖公章的权限或者应当知道而因疏忽大意没有知道，那么客户可能无法主张表见代理，该协议对公司可能不产生法律效力。
实际履行与合同效力：
- 即使协议上没有加盖公司公章，但如果双方已经实际履行了协议的主要义务，如支付了款项、交付了货物等，那么根据《民法典》的相关规定，该协议仍然可能被视为有效。因为实际履行行为表明双方对协议的内容已经达成了一致，并且愿意按照协议履行各自的义务。
建议：
- 对于公司而言，为了避免不必要的法律纠纷，应当明确员工的签约权限，并在协议上加盖公章以确认公司的意思表示。
- 对于客户而言，在签订协议时应当仔细审查对方的签约权限和协议内容，确保自己的权益得到保障。如果发现员工没有加盖公章的权限或者协议内容存在疑问，应当及时与公司进行沟通并寻求法律意见。
后续行动：如果您或您的公司遇到了类似的问题，或者对协议的效力有进一步的疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。