结论：在总价合同中，施工单位措施费未按投标发生时，能否扣减需视具体情况而定，主要取决于合同条款的约定以及实际履行情况。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款有明确约定的情况
若合同明确约定了措施费包干或固定总价，且未约定调整条件：
- 在这种情况下，措施费通常被视为已包含在合同总价内，不因实际施工措施的变化而调整。即使施工单位未按照投标时的措施进行施工，只要工程质量和进度等符合合同要求，发包方一般无权扣减措施费。
- 法律依据：根据《民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若合同已明确约定措施费包干，则双方应遵守此约定。
若合同约定了措施费可调整的条件：
- 如果合同中明确规定了措施费调整的条件（如设计变更、工程量增减等），且实际施工中发生了这些条件，则措施费应按照合同约定进行调整。若施工单位未按照投标时的措施进行施工，且该变化未导致合同约定的调整条件成就，则发包方可能无权直接扣减措施费，但可依据合同要求施工单位承担违约责任或采取其他补救措施。
- 法律建议：在此情况下，双方应首先审查合同条款，确定是否满足调整条件，并按照合同约定的程序进行费用调整。
二、合同条款无明确约定或约定不明的情况
依据行业惯例或交易习惯判断：
- 在合同条款无明确约定或约定不明的情况下，可以参照行业惯例或交易习惯来判断。如果行业惯例或交易习惯中通常认为措施费应随实际施工措施的变化而调整，则发包方可能有权要求扣减未发生的措施费。
- 法律背景：根据《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
依据实际履行情况判断：
- 如果施工单位未按照投标时的措施进行施工，且该变化导致了措施费的显著减少，而合同又未对此进行明确约定，则发包方可能可以基于公平原则或诚实信用原则要求扣减部分措施费。但这种情况下的扣减需谨慎处理，避免损害施工单位的合法权益。
- 法律建议：在此情况下，双方应首先尝试通过协商解决争议；协商不成的，可以寻求第三方调解或依法提起诉讼或仲裁。
三、特殊情况下的处理
- 若施工单位未按照投标时的措施进行施工，且该变化导致了工程质量问题或安全隐患：
- 在这种情况下，发包方不仅有权要求扣减措施费，还有权要求施工单位承担违约责任、赔偿损失等法律责任。因为施工单位的行为已经违反了合同约定和法律规定，损害了发包方的合法权益。
总结与建议：在总价合同中，施工单位措施费未按投标发生时能否扣减，需根据合同条款的约定以及实际履行情况来判断。建议双方在签订合同时明确约定措施费的调整条件和程序，以避免后续争议。若发生争议，应首先尝试通过协商解决；协商不成的，可以寻求专业法律帮助，依法维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。