进入司法程序的违法行为，在满足行政立案条件的情况下，仍然会进行行政立案。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、行政立案的基本条件
根据《中华人民共和国行政诉讼法》及其相关司法解释，行政案件的立案需满足以下条件：
- 原告资格：原告必须是认为行政行为侵犯其合法权益的公民、法人或其他组织。例如，若某公民认为行政机关作出的行政处罚决定程序违法且侵犯了其合法权益，该公民即具备原告资格。
- 明确的被告：原告需明确指出作出被诉行政行为的行政机关或法律、法规、规章授权的组织。如对公安局的行政拘留决定不服，公安局即为明确被告。
- 具体的诉讼请求和事实根据：
- 诉讼请求：原告需提出具体、明确的诉求，如撤销违法行政行为、确认行为违法或要求履行法定职责等。
- 事实根据：原告需提供支持其诉求的事实依据，包括证明行政机关在作出行政行为时存在的程序违法情形，如未依法告知听证权利、超时作出决定等。
- 属于人民法院受案范围和管辖：
- 受案范围：行政案件需属于法院受理行政诉讼的范围，如对行政许可、处罚、强制等行为不服的案件。
- 管辖：案件需由具有管辖权的人民法院受理，通常根据行政行为地、被告所在地等因素确定管辖法院。
二、程序违法对行政立案的影响
程序违法的行政行为，只要满足上述立案条件，人民法院应当依法立案受理。程序违法并不构成行政立案的障碍，但可能影响案件的最终判决结果。在审理过程中，如果法院认定程序违法情节较轻且未对原告权利产生实际影响，可能会判决确认行政行为违法，但不撤销该行为。
三、特殊情况对行政立案的影响
- 起诉期限：根据《行政诉讼法》，原告应在知道或应当知道行政行为之日起六个月内提起诉讼（除非法律另有规定）。超过期限且无正当理由的，法院可能不予立案。因此，即使行政行为存在程序违法，原告也需在法定期限内提起诉讼，否则可能丧失立案机会。
- 重复起诉：若当事人就同一事项在诉讼中或裁判生效后再次起诉，且后诉与前诉的当事人、诉讼标的、诉讼请求相同，则构成重复起诉，法院将不予立案。这要求原告在提起诉讼时需确保诉讼的唯一性和新颖性。
四、实际案例与法律建议
实际案例：某公民因行政机关未依法听证而对其作出的行政处罚决定不服，提起行政诉讼。法院在审理过程中发现，虽然行政处罚决定存在程序违法，但该违法情节较轻且未对公民权利产生实际影响。因此，法院判决确认行政处罚决定违法，但未撤销该决定。
法律建议：
- 对于认为行政行为存在程序违法的公民、法人或其他组织，应首先确认自身是否具备原告资格，并明确被告、诉讼请求和事实根据。
- 在提起诉讼前，应仔细审查起诉期限，确保在法定期限内提起诉讼。
- 避免重复起诉，确保诉讼的唯一性和新颖性。
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综上所述，进入司法程序的违法行为在满足行政立案条件的情况下仍然会进行行政立案。但程序违法可能影响案件的最终判决结果，因此原告在提起诉讼时应充分准备相关证据和法律依据，以维护自身合法权益。