关于公司以旷工罚款扣发员工工资是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据公司的规章制度以及相关法律法规来具体判断。
首先，从法律层面来看：
在我国劳动法律法规中，并未明确赋予用人单位对员工进行罚款的直接权力。罚款，作为一种行政处罚权，主要由具有行政处罚权的行政机关来实施。而《中华人民共和国行政处罚法》也明确规定了行政处罚的实施主体和范围，用人单位并不包含在内。因此，从直接的法律依据上来说，企业直接设定罚款制度是缺乏明确上位法支持的。
然而，这并不意味着企业完全无法对旷工员工进行任何经济上的管理：
企业可以通过合法制定的规章制度来管理员工的旷工行为。这些规章制度必须满足几个关键条件：一是内容合法，即不违反法律法规的强制性规定，罚款数额应合理，不能过高或过低，且不能与缺勤期间的工资损失严重不符；二是程序民主，即规章制度应当通过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定；三是公示告知，即规章制度需向员工公示或告知，确保员工知晓并理解其内容。
在满足上述条件的情况下，企业可以采取以下合法合规的管理措施：
扣减相应工资：根据《工资支付暂行规定》，对于员工旷工未提供劳动的情况，企业有权不支付旷工期间的工资。但需要注意的是，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准，以保障员工的基本生活需求。
解除劳动合同：如果企业的规章制度明确规定旷工达到一定天数属于严重违反用人单位规章制度，并且该规章制度已经过民主程序制定且向员工公示或告知，那么企业可以依据《劳动合同法》第三十九条的规定，以员工严重违反用人单位规章制度为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
如果企业违反法律规定或规章制度对员工进行不合理罚款：
员工有权与企业协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，企业也应加强内部管理，确保规章制度的合法性和合理性，以避免不必要的法律纠纷。
综上所述，公司以旷工罚款扣发员工工资的合法性取决于公司规章制度的合法性和合规性。在采取任何管理措施之前，公司应确保自身行为的合法性和合规性，以避免潜在的法律风险。