结论前置：员工旷工一天，餐饮店以旷工一天扣三天工资的做法通常是不合法的，除非公司的规章制度或劳动合同中有明确且合理的相关规定，并且该规定已经过民主程序制定并向劳动者公示。
详细分析如下：
工资支付与代扣原则：
- 根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得随意克扣劳动者工资。工资是劳动者付出劳动后的应得报酬，旷工一天仅应扣除当天未提供劳动对应的工资，而非三倍工资。直接因旷工而扣三天工资缺乏法律依据，属于过度克扣，违背了公平原则和劳动法保护劳动者合法权益的宗旨。
合理处罚与劳动者权益保护：
- 即便旷工违反了公司规章制度，公司在对旷工行为进行处罚时也必须遵循合理性和适度性原则。扣三天工资往往被视为超出了合理限度，可能构成对劳动者权益的不当侵害。公司应确保处罚内容既符合公司管理需要，又不损害劳动者的合法权益。
规章制度的合法性与有效性：
- 民主程序制定：规章制度必须通过民主程序制定，包括经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或职工代表平等协商确定。只有这样的规章制度才能被视为合法有效的。
- 公示告知义务：用人单位还有义务将规章制度向劳动者进行公示或告知，如通过员工手册发放、培训、公告栏张贴等方式。只有当劳动者知晓并理解这些规定时，它们才能作为处罚的依据。
特殊情况处理：
- 在某些特殊情况下，如果旷工行为确实给用人单位造成了重大经济损失，且用人单位能够充分证明损失的具体数额和关联性，并经过合法程序，可能会在合理范围内要求劳动者赔偿。但这种赔偿也需要遵循法律规定的程序和比例限制，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
劳动者权益维护途径：
- 如果劳动者认为用人单位因旷工而扣三天工资的做法侵犯了其合法权益，可以采取以下途径来维护自己的权益：
- 协商解决：首先尝试与用人单位进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 劳动监察投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理此事。
- 申请劳动仲裁：在必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动仲裁机构将依法对争议进行裁决，为劳动者提供法律保障。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
- 《工资支付暂行规定（1994年版）》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
综上所述，餐饮店在因旷工而对员工进行处罚时，必须严格遵守相关法律法规和规章制度的要求，确保处罚措施的合法性、合理性和有效性。如果劳动者遇到此类情况，应依法维护自己的合法权益，通过合法途径寻求解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。