核心结论：公司报案偷窃后嫌疑人已退赃，案件后续处理需分情况讨论，主要取决于案件是否已进入司法程序、退赃的主动性及案件性质等因素。以下是具体分析：

1. 若案件尚未进入司法程序（公安机关未立案或正在调查阶段）

• 退赃的积极影响：退赃是嫌疑人表明悔罪态度的重要方式，可能直接影响公安机关是否立案或后续处理。根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，若盗窃金额未达刑事立案标准（如部分地区为3000元以下），或情节显著轻微，公安机关可能作出不予立案决定，转而按治安案件处理（如行政拘留、罚款）。
• 可能的处理结果：
  • 不立案：若退赃及时、公司出具谅解书，且无其他恶劣情节（如多次盗窃、破坏财物等），公安机关可能直接结案，不追究刑事责任。
  • 治安处罚：若立案标准未达但情节较重（如多次盗窃未遂），可能以《治安管理处罚法》第49条处罚（5-15日拘留，可并处罚款）。

2. 若案件已进入司法程序（已立案、移送检察院审查起诉或法院审理阶段）

• 退赃的法律意义：退赃属于“认罪认罚”的表现，根据《刑法》第67条及《刑事诉讼法》第15条，嫌疑人可争取从轻或减轻处罚。若退赃及时、全额赔偿损失，且取得公司谅解，检察院可能作出不起诉决定（尤其针对初犯、偶犯），或法院在量刑时大幅从宽（如缓刑、单处罚金）。
• 关键步骤：
  • 主动退赃并认罪：需在侦查阶段、审查起诉阶段或审判阶段主动退赃，并签署《认罪认罚具结书》。
  • 争取谅解书：与公司协商出具书面谅解书，明确表示对嫌疑人行为的理解与宽恕，这是量刑的重要参考。
  • 律师介入：建议委托律师与办案机关沟通，提交法律意见书，强调退赃、谅解等情节，争取最轻处理。

3. 特殊情形：公司内部处理与刑事程序的衔接

• 公司内部处理：即使已退赃，公司仍可能根据内部规章制度（如员工手册）对涉事员工进行处分（如警告、辞退）。但需注意，处分需符合《劳动合同法》规定（如程序合法、证据充分），否则员工可能主张违法解除赔偿。
• 刑事与民事责任分离：退赃仅解决刑事责任问题，若公司因盗窃遭受其他损失（如停工损失、鉴定费用等），仍可通过民事诉讼要求赔偿。但若退赃已覆盖全部损失，公司再主张民事赔偿的难度较大。

4. 建议行动方案

• 嫌疑人/家属：
  1. 立即退赃并保留转账记录、收据等证据；
  2. 委托律师与公安机关、检察院沟通，提交退赃材料及谅解书；
  3. 若已逮捕，申请取保候审；若已起诉，争取缓刑或单处罚金。
• 公司方：
  1. 核实退赃金额是否覆盖全部损失，保留相关证据；
  2. 若决定出具谅解书，明确赔偿范围及谅解条件；
  3. 若需内部处分员工，确保程序合法，避免劳动纠纷。

总结：退赃是减轻刑事责任的关键情节，但具体结果需结合案件阶段、退赃主动性、谅解情况等因素综合判断。建议根据自身角色（嫌疑人/公司）及时采取行动，必要时委托律师介入以最大化权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。