关于借调超过三个月的问题，首先需要明确的是，借调期限及借调期间的相关权益，主要依据借调协议以及原单位和借调单位的相关规定来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、借调协议的约定

1. 协议内容：借调协议通常会明确借调的期限、工作内容、工资待遇、社保缴纳等关键条款。如果协议中明确规定了借调期限为三个月，且未提及超过期限后的处理方式，那么双方应首先遵循协议约定。

2. 期限延长：若因工作需要，借调期限需要延长，双方应协商一致并签订补充协议，明确新的借调期限及相关权益。若未签订补充协议而继续借调，可能引发劳动争议。

二、超过借调期限的处理

1. 返回原单位：若借调期限已满且未签订补充协议，员工应返回原单位工作。原单位应按照原劳动合同约定，为员工提供工作岗位和相应的劳动条件。

2. 继续借调的权益：若双方协商一致继续借调，应明确新的借调期限、工资待遇、社保缴纳等事项，并签订书面协议。在继续借调期间，员工仍享有原劳动合同约定的权益，同时应遵守借调单位的规章制度。

3. 未签订补充协议的风险：若借调期限已满但未签订补充协议，而员工继续在借调单位工作，可能面临以下风险：

   • 工资待遇争议：借调单位可能按照原协议支付工资，但员工可能主张按照实际工作情况调整工资待遇。
   • 社保缴纳问题：若借调单位未继续为员工缴纳社保，员工可能面临社保断缴的风险，影响其社保权益。
   • 劳动关系认定：在长期借调且未签订补充协议的情况下，员工的劳动关系可能变得模糊，引发劳动争议。

三、法律建议

1. 审查借调协议：员工应仔细审查借调协议，了解借调期限、工资待遇、社保缴纳等关键条款。若协议即将到期或已到期，应及时与原单位和借调单位沟通，明确后续安排。

2. 签订补充协议：若因工作需要延长借调期限，双方应签订补充协议，明确新的借调期限及相关权益。这有助于避免后续争议，保障员工的合法权益。

3. 保留证据：员工应保留与借调相关的所有证据，包括借调协议、工资单、社保缴纳记录等。这些证据在发生劳动争议时将起到关键作用。

4. 及时咨询：若员工对借调期限、工资待遇、社保缴纳等问题存在疑问或争议，应及时向我咨询，以便获得专业的法律建议和支持。

总之，借调超过三个月的问题需要根据借调协议及双方协商情况来具体处理。员工应了解自己的权益和义务，及时与原单位和借调单位沟通，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。