挂靠公司实际施工人签订的内部协议，其效力需分情况讨论，但通常因违反法律强制性规定而无效。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律框架与基本原则
核心法规依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。建筑工程挂靠行为违反了《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国招标投标法》以及《建设工程质量管理条例》等法律法规的强制性规定，因此挂靠协议（包括内部协议）通常无效。
- 《中华人民共和国建筑法》第二十八条明确规定，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人。这为判断挂靠协议的效力提供了直接的法律依据。
挂靠行为的定义与危害：
- 挂靠行为指的是不具备相应资质条件的单位或个人，以被挂靠单位的名义对外承接工程并向其缴纳一定管理费的行为。这种行为严重扰乱了建筑市场的正常秩序，可能导致工程质量难以保证，进而损害建设单位、其他利害关系人和社会公众的利益。
二、内部协议无效的具体情形
名为内部承包，实为挂靠：
- 如果内部协议实际上是为了规避法律对挂靠行为的禁止性规定，而以内部承包的形式出现，那么该协议将因违反法律强制性规定而无效。例如，实际施工人并非被挂靠公司的员工，却以内部承包的名义承接工程，并缴纳管理费，这种行为本质上就是挂靠。
协议内容违反法律强制性规定：
- 如果内部协议中包含了违反法律强制性规定的内容，如允许无资质或超越资质承揽工程、出借资质证书和营业执照等，那么该协议也将因违法而无效。
三、内部协议可能有效的特殊情形
真正的内部承包关系：
- 如果内部协议确实体现了企业内部的管理关系，如员工责任制、项目考核分配等，且未突破资质限制或转包实质，那么该协议可能被认定为有效。但这种情况较为罕见，且需要严格的条件限制。
- 例如，某建筑企业将分公司负责的桥梁工程通过内部考核分配给项目经理团队，企业提供全额资金和技术支持，且项目经理团队为企业正式员工。这种情况下，内部协议可能因符合“内部管理”属性而被认定有效。
协议内容合法合规：
- 如果内部协议的内容完全合法合规，没有违反任何法律强制性规定，且双方当事人均具备相应的民事行为能力，那么该协议在形式上可能是有效的。但在实际操作中，由于挂靠行为的本质违法性，这种合法合规的内部协议几乎不存在。
四、法律后果与风险防范
法律后果：
- 一旦内部协议被认定为无效，将产生溯及力，使协议从订立时起就不具有法律约束力。双方当事人需要承担因协议无效而产生的民事责任，如返还财产、赔偿损失等。
- 同时，对于存在挂靠行为的单位和个人，相关行政机关可以依法给予行政处罚，如罚款、吊销资质证书等。在情节严重的情况下，甚至可能受到刑事处罚。
风险防范：
- 强烈建议建筑企业和个人不要签订或参与任何形式的挂靠协议（包括内部协议）。相反，应通过合法途径获取相应的资质和许可，严格遵守相关法律法规和行业规范。
- 如果确实需要签订内部协议，应确保协议内容合法合规，且体现企业内部的管理关系。同时，应保留好相关证据，如工资发放记录、社保缴纳凭证等，以证明双方之间的真实关系。
总结来说，挂靠公司实际施工人签订的内部协议，其效力需根据具体情况进行判断。但通常情况下，由于挂靠行为的本质违法性，这种内部协议将因违反法律强制性规定而无效。因此，在实际操作中，应坚决避免挂靠行为，通过合法途径开展业务活动，以确保工程质量和安全，同时保护自身和他人的合法权益不受侵害。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。