实际施工人与被挂靠单位签订的内部管理协议，因其本质属于挂靠协议，是违法的，因此无效。以下从多个角度进行详细分析：

法律依据明确

根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。建筑工程挂靠行为违反了《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国招标投标法》以及《建设工程质量管理条例》等法律法规的强制性规定。这些法律法规明确禁止无资质或低资质的单位或个人通过挂靠方式承揽工程，因此，实际施工人与被挂靠单位签订的内部管理协议，作为挂靠协议的一种形式，同样无效。

挂靠行为的定义与危害

建筑工程挂靠行为指的是不具备相应资质条件的单位或个人，以被挂靠单位的名义对外承接工程，并向其缴纳一定管理费的行为。这种行为严重扰乱了建筑市场的正常秩序。挂靠人往往缺乏必要的技术、人员、设备等条件，难以保证工程质量，进而可能损害建设单位、其他利害关系人和社会公众的利益。例如，挂靠人可能为了降低成本而使用劣质材料，或者忽视施工安全规范，导致工程质量问题或安全事故的发生。

法律责任严厉

允许他人以自己名义承揽工程，或者借用他人名义或资质证书承揽工程的，将面临严厉的法律责任。这包括责令改正、没收违法所得、罚款、停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等行政处罚。在情节严重的情况下，甚至可能受到刑事处罚。因此，实际施工人与被挂靠单位签订内部管理协议，不仅协议本身无效，还可能面临法律制裁。

实际施工人的权益保护

尽管挂靠协议无效，但在工程竣工验收合格且符合相关质量标准的前提下，实际施工人（挂靠人）仍有权参照合同约定向被挂靠人主张支付工程价款。这是为了保护实际施工人的合法权益，避免因挂靠协议的无效而使其劳动成果得不到应有的回报。然而，这并不意味着挂靠行为本身是合法的或被鼓励的。实际施工人在主张工程价款时，仍需面临法律上的风险和不确定性。

合法合规的建议

强烈建议建筑企业和个人不要签订或参与任何形式的挂靠协议。相反，应通过合法途径获取相应的资质和许可，严格遵守相关法律法规和行业规范。这样做不仅有助于确保工程质量和安全，还能有效维护自身和他人的合法权益不受侵害。例如，建筑企业可以通过提升自身资质、加强内部管理、提高技术水平等方式来增强市场竞争力，而不是通过挂靠等违法手段来承揽工程。

总结来说，实际施工人与被挂靠单位签订的内部管理协议因属于挂靠协议而无效。在实际操作中，应坚决避免挂靠行为，通过合法途径开展业务活动。如果你在实际操作中遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。