结论前置：别人公司代替打款是否违法需分情况讨论，可能涉及民事纠纷或行政违法，严重时可能构成刑事犯罪。以下是具体分析及处理建议：
- 民事法律关系层面
若代付款行为基于真实、合法的委托关系（如A公司委托B公司代为支付货款），且双方签订书面协议明确权利义务，则属于合法民事代理行为。此时需注意：
- 需保留委托合同、付款指令等证据，避免后续产生纠纷；
- 若代付款方未如实转付资金，可能构成违约，委托方可依据《民法典》第929条要求赔偿损失。
- 行政违法层面
若代付款行为涉及以下情形，可能违反《反洗钱法》或《外汇管理条例》：
- 无真实交易背景的代付（如虚构贸易合同套取资金）；
- 频繁代付且金额异常，涉嫌转移资产或逃避监管；
- 跨境代付未履行外汇申报义务。
处理建议：立即停止可疑代付行为，主动向监管部门说明情况，配合调查并补缴税款/罚款。
- 刑事犯罪层面
若代付款行为与以下犯罪相关，可能构成共犯：
- 诈骗罪（如代付诈骗所得资金）；
- 洗钱罪（如为毒品犯罪、贪污贿赂犯罪代付赃款）；
- 虚开发票罪（如通过代付虚构交易开具增值税专用发票）。
处理建议：立即向公安机关自首，争取从宽处理；同时委托律师介入，通过退赃、立功等情节减轻刑事责任。
实务建议：
- 若您是代付款方，需严格审核委托方资质及资金用途，留存完整证据链；
- 若您是收款方，发现资金来源异常时，应拒绝接收并留存证据，避免被牵连；
- 无论何种情况，均建议通过书面协议明确各方权责，降低法律风险。
如有具体案件细节需要分析，可直接向我提问，我将结合证据材料提供进一步法律意见。