公司对下属部门罚款是否合法需分情况讨论，具体结论如下：

1. 若公司本身无行政处罚权，则对部门罚款不合法
   根据《行政处罚法》第十七条，行政处罚权由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施，公司作为市场主体，并非行政机关，原则上不具备行政处罚权。若公司以内部管理为由对部门罚款，可能因“主体不适格”被认定为违法。例如，某公司因部门未完成业绩直接扣减部门经费，此类行为可能因缺乏法律依据被认定为无效。

2. 若罚款实质为“内部经济责任承担”，需满足特定条件才可能合法
   公司可通过内部规章制度约定“经济责任承担”条款，但需同时满足以下条件：

   • 制度合法性：规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），且内容不违反法律强制性规定（如不得设定“罚款”名义，但可约定“因过错导致公司损失的赔偿责任”）；
     
   • 程序正当性：罚款需与部门或员工的过错行为直接相关，且金额需合理（不得超出实际损失范围）；
     
   • 用途合规性：罚款资金应纳入公司账户，不得私设“小金库”，否则可能涉嫌违法。
     案例参考：某公司制度规定“因部门管理失误导致公司被行政处罚的，部门需承担50%罚款”，此类条款若经民主程序制定且金额合理，可能被认定为合法。

3. 特殊情形：公司经法律授权或合同约定可实施“经济制裁”
   若公司与部门（如分公司、子公司）存在合同关系（如承包经营合同），且合同明确约定“未达标时公司有权扣减款项”，此类行为可能被认定为合同履行中的“违约责任承担”，而非行政处罚。但需注意：

   • 合同条款需明确、具体，且不违反法律强制性规定；
     
   • 扣减金额需与违约行为造成的损失相当，否则可能因“显失公平”被撤销。

建议：
若公司拟对部门实施经济约束，建议通过以下方式规避风险：

• 修订内部制度，将“罚款”改为“过错赔偿责任”或“绩效扣减”，并明确触发条件、计算方式；
  
• 确保制度经民主程序制定，并向员工公示；
  
• 保留部门过错行为的证据（如书面通知、会议记录等），避免“随意处罚”。
  

如有具体案例或制度条款需要分析，可直接向我咨询，我会结合细节进一步解答。