医院在发生违规违纪导致患者住院损害后果严重致残疾瘫痪的情况下，不上报是违规违纪的。以下从多个角度进行分析：
一、医院上报义务的法律基础
根据《医疗事故处理条例》第十四条：“发生医疗事故的，医疗机构应当按照规定向所在地卫生行政部门报告。发生下列医疗事故的，除按前款规定报告外，应当按照规定向所在地卫生行政部门报告：（一）导致患者死亡或者可能为二级以上的医疗事故；（二）导致3人以上人身损害后果的”。虽然该条例未直接提及“违规违纪”导致的损害，但“医疗事故”的定义通常涵盖了因医疗机构或医务人员的过失或违规行为导致的患者损害。在此情境下，患者因医院违规违纪导致残疾瘫痪，显然属于严重的医疗损害后果，医院有义务上报。
二、不上报的法律后果
行政责任：医院若未按规定上报，可能面临卫生行政部门的行政处罚，包括警告、罚款等。根据《医疗事故处理条例》第五十六条：“医疗机构违反本条例的规定，有下列情形之一的，由卫生行政部门责令改正；情节严重的，对负有责任的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分或者纪律处分：（一）未如实告知患者病情、医疗措施和医疗风险的；（二）没有正当理由，拒绝为患者提供复印或者复制病历资料服务的；（三）未按照国务院卫生行政部门规定的要求书写和妥善保管病历资料的；（四）未在规定时间内补记抢救工作病历内容的；（五）未按照本条例的规定封存、保管和启封病历资料和实物的；（六）未设置医疗服务质量监控部门或者配备专（兼）职人员的；（七）未制定有关医疗事故防范和处理预案的；（八）未在规定时间内向卫生行政部门报告重大医疗过失行为的；（九）未按照本条例的规定向卫生行政部门报告医疗事故的；（十）未按照规定进行尸检和保存、处理尸体的”。
民事责任：不上报可能影响患者及时获得赔偿。在医疗纠纷中，及时上报有助于卫生行政部门介入调查，明确责任，从而保障患者的合法权益。若医院未上报，可能导致调查延误，影响患者索赔的进程和结果。
刑事责任：在极端情况下，如果医院的违规违纪行为构成犯罪（如故意伤害罪、过失致人重伤罪等），且医院未上报导致犯罪行为未能及时得到查处，医院的相关责任人员可能面临刑事责任的追究。虽然不上报行为本身不一定直接构成犯罪，但它可能作为加重情节在量刑时予以考虑。
三、建议与措施
立即上报：医院在发现违规违纪导致患者损害后，应立即向所在地卫生行政部门报告，并配合调查，如实提供相关资料。
积极救治患者：医院应全力救治患者，减轻损害后果，并承担相应的医疗费用和赔偿责任。
加强内部管理：医院应加强内部管理，完善规章制度，防止类似事件再次发生。
寻求法律帮助：若患者或家属对医院的处理不满，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自身权益。
作为刘清泉律师，我专注于医疗纠纷领域，如果你有任何关于医疗事故责任及赔偿的问题，可以直接向我咨询。