结论前置：股份合同到期未续签但仍在合作，合同是否作数需分情况讨论，一般来说，原合同可能继续有效，但也可能因实际情况产生变化或视为新合同关系。以下从不同角度进行分析：
合同自动续期或视为继续有效的情况：
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同到期后，如果双方继续履行合同且未提出异议，通常视为原合同继续有效，但合同期限可能变为不定期。在股份合作合同中，如果双方未就续签进行明确约定，但继续按照原合同的条款进行合作，包括出资、分红、管理等，那么可以认为原合同继续有效，只是期限上可能变为不定期。
- 例子说明：假设甲乙双方签订了一份为期三年的股份合作合同，合同到期后，双方未续签，但继续按照原合同的约定进行出资、分红和管理等合作活动，且没有提出任何异议。在这种情况下，可以认为原合同继续有效，双方继续享有和承担原合同中的权利和义务。
合同不作数或视为新合同关系的情况：
- 法律背景：如果合同到期后，双方虽然继续合作，但对合作条件、权利义务等进行了实质性的变更，或者一方明确表示不再受原合同约束，那么原合同可能不再作数，双方之间的合作可能视为新的合同关系。此外，如果双方的合作行为与原合同条款存在明显不符，也可能导致原合同不再适用。
- 例子说明：假设甲乙双方的股份合作合同到期后，双方未续签，但在继续合作的过程中，对出资比例、分红方式等关键条款进行了实质性的变更，或者一方明确表示不再按照原合同的约定履行义务。在这种情况下，原合同可能不再作数，双方之间的合作应视为新的合同关系，受新的合作条款的约束。
法律建议与可能后果：
- 法律建议：为了避免因合同到期未续签而产生的法律纠纷，建议双方在合同到期前进行协商，明确是否续签以及续签的条件和条款。如果双方决定继续合作，应及时签订新的合同或补充协议，以明确双方的权利和义务。
- 可能后果：如果合同到期未续签且双方继续合作但未明确约定，一旦发生纠纷，可能因证据不足或条款不明确而难以维护自身权益。此外，如果双方的合作行为被认定为新的合同关系，但未签订书面合同，也可能面临法律风险。
进一步思考：在实际操作中，股份合作合同的续签或变更往往涉及复杂的商业利益和法律关系。因此，在处理此类问题时，建议双方充分沟通、协商，并寻求专业法律人士的帮助，以确保合同的合法性和有效性。如果你有任何关于股份合作合同或公司法务方面的法律问题，可以直接向我咨询。