迟到扣款并非只能从绩效工资里扣，具体取决于用人单位的规章制度、劳动合同的约定以及扣减的合理性。以下是对这一问题的详细分析：

1. 规章制度明确规定的情况：

   • 如果用人单位依法制定的规章制度中明确规定了迟到与工资或绩效工资的挂钩关系，并详细说明了扣减办法，且该规章制度已通过民主程序制定（如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），并已向劳动者公示或告知，那么用人单位可以按照规章制度的规定进行扣减。
   • 示例：公司规定每月迟到3次以内扣绩效分5分，3次以上每次扣10分，且该规定已按上述程序制定并公示，则此规定有效，公司可以按照此规定扣减绩效工资。若规章制度中规定迟到扣减的是基本工资或其他类型的工资，且符合法律法规和合同约定，则也可以从相应工资中扣减。

2. 劳动合同有相关约定的情况：

   • 如果劳动合同中明确约定了迟到与工资或绩效工资的关系，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位也可以按照劳动合同的约定进行扣减。
   • 示例：劳动合同中写明“若劳动者每月迟到累计达到X次，用人单位有权按照一定比例扣减绩效工资（或基本工资）”，且该约定合法有效，则公司可以按照此约定扣减。

3. 扣除幅度合理的情况：

   • 即使规章制度或劳动合同中有相关规定，扣减工资或绩效工资的幅度也必须合理，不得损害劳动者的基本权益。扣除的部分通常不得超过劳动者当月工资的20%（具体比例可能因地区而异，需参照当地劳动法规）。
   • 示例：如果劳动者当月工资为5000元，公司规定迟到一次扣减绩效工资不得超过1000元（即20%），则此扣减幅度是合理的。若扣减幅度超过此比例，则可能被认定为不合法。

4. 不合法扣除的情况：

   • 如果用人单位的规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示告知，则该规章制度对劳动者不具有约束力，公司不得据此扣减工资或绩效工资。
   • 如果规章制度或劳动合同中未明确规定迟到可以扣减工资或绩效工资，则用人单位不得随意扣除。
   • 如果扣减幅度明显不合理，如迟到一次就扣掉当月一半绩效工资或基本工资，这种过度的扣减可能被认定为不合法。

员工权益保护：

• 如果劳动者认为用人单位扣减工资或绩效工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣工资的依据和合理性。
• 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综合建议：

• 劳动者在入职前应仔细阅读公司的员工手册或相关规定，了解公司对于迟到等行为的处理方式。
• 若公司规章制度不明确或存在争议，劳动者应及时与公司沟通，明确相关条款的含义和应用范围。
• 在遇到不合理扣减时，劳动者应保留相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在协商或仲裁过程中维护自己的权益。

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