公司收取违约金但对方拒绝开具发票的行为，通常不合法。以下从不同角度进行分析：

1. 从合同约定与发票开具义务角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。若违约金属于合同履行中因违约方未履行义务而产生的补偿性款项，且收款方为公司（经营主体），则其收取违约金的行为本质上属于经营活动的延伸，应当依法开具发票。若对方拒绝开具，可能涉嫌违反发票管理规定。

2. 从违约金性质与税务处理角度
   若违约金与合同标的直接相关（如因延迟交货、质量不达标等违约行为产生），通常被认定为“价外费用”，需并入销售额计算缴纳增值税，并开具发票。若违约金与合同标的无关（如单纯因合同解除产生的补偿），则可能不涉及增值税，但收款方仍需根据《企业所得税法》确认收入，并可能需开具“不征税”发票或提供其他税务凭证。无论何种情况，拒绝开具发票均可能影响付款方的税前扣除或进项抵扣权益。

3. 从违约方与收款方权利义务角度
   若合同明确约定违约金需开具发票，则对方拒绝开具构成违约，收款方可依据合同主张权利（如要求继续开具、赔偿损失等）。若合同未明确约定，收款方仍可基于法律规定要求对方开具，对方无正当理由拒绝的，可能面临税务行政处罚（如罚款、责令改正等）。

建议行动：

• 优先与对方协商，明确要求其按法律规定或合同约定开具发票；
  
• 若协商无果，可向当地税务机关举报（如拨打12366纳税服务热线），由税务机关责令对方开具；
  
• 若违约金涉及税务争议（如是否属于价外费用），可委托税务师或律师协助处理，确保合规性。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体合同条款与税务规定为您详细分析。