工程款最终付款金额与结算金额不一致时，款项结清证明需根据实际情况进行针对性撰写，核心要点是明确双方认可的最终金额、说明差异原因（如有）、确认款项结清且无争议。以下分情况详细说明：

情况一：最终付款金额少于结算金额，但双方协商一致（如存在扣款、质量赔偿等）

1. 标题：工程款结清证明
2. 正文：
   • 双方主体信息：写明发包方（甲方）和承包方（乙方）的全称、统一社会信用代码等准确信息。
   • 工程概况：简要描述工程名称、地点、工程内容等基本情况。
   • 结算与付款情况说明：明确原结算金额为[X]元，因[具体原因，如工程质量问题扣款、工期延误罚款等]，经双方协商一致，最终付款金额为[Y]元（Y＜X）。
   • 款项支付情况：说明乙方已收到甲方支付的最终款项[Y]元，支付方式为[具体支付方式，如银行转账等]，支付时间为[具体日期]。
   • 结清确认：双方确认，除上述款项外，甲方已全部付清与该工程有关的一切款项，乙方不再就该工程向甲方主张任何费用或权利，双方就该工程款项事宜无任何争议。
3. 落款：双方签字（盖章）、日期。

情况二：最终付款金额多于结算金额，存在补充付款情况（如结算遗漏、奖励等）

1. 标题：工程款结清证明
2. 正文：
   • 双方主体信息：同情况一，准确写明发包方和承包方的相关信息。
   • 工程概况：与情况一相同，介绍工程的基本情况。
   • 结算与付款情况说明：表明原结算金额为[X]元，因[具体原因，如结算时遗漏部分工程量、甲方给予乙方奖励等]，经双方协商一致，最终付款金额为[Y]元（Y＞X）。
   • 款项支付情况：说明乙方已收到甲方支付的最终款项[Y]元，包括之前已支付的[X1]元以及本次补充支付的[Y - X1]元，支付方式为[具体支付方式]，支付时间为[具体日期]。
   • 结清确认：双方确认，甲方已全部付清与该工程有关的一切款项，乙方不再就该工程向甲方主张任何费用或权利，双方就该工程款项事宜无任何争议。
3. 落款：双方签字（盖章）、日期。

示例模板

工程款结清证明

甲方（发包方）：[甲方全称] 统一社会信用代码：[甲方代码] 地址：[甲方地址] 联系方式：[甲方联系电话]

乙方（承包方）：[乙方全称] 统一社会信用代码：[乙方代码] 地址：[乙方地址] 联系方式：[乙方联系电话]

鉴于甲乙双方于[合同签订日期]签订了关于[工程名称]的《建设工程施工合同》（合同编号：[合同编号]），该工程已竣工验收合格。

原结算金额为人民币[X]元（大写：[大写金额]），因[具体原因]，经双方友好协商一致，最终付款金额为人民币[Y]元（大写：[大写金额]）。

截至本证明出具之日，甲方已通过[支付方式]向乙方支付完毕上述最终款项人民币[Y]元，其中于[之前付款日期]支付[X1]元，于[本次付款日期]支付[Y - X1]元。

双方确认，除上述款项外，甲方已全部付清与该工程有关的一切款项，乙方不再就该工程向甲方主张任何费用或权利，双方就该工程款项事宜无任何争议。

本证明一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。

甲方（盖章）：__________________ 法定代表人或授权代表（签字）：______ 日期：___年_月____日

乙方（盖章）：__________________ 法定代表人或授权代表（签字）：______ 日期：___年_月____日

在撰写款项结清证明时，务必确保内容真实、准确、完整，双方对证明内容无异议后再签字盖章。如果在撰写过程中有任何疑问，欢迎随时向我咨询。