当遇到合同金额、发票金额与结算单金额不一致的情况时，撰写一份清晰、详细的说明至关重要。以下是一份建议的说明模板，您可以根据实际情况进行调整和补充：
关于合同金额、发票金额与结算单金额不一致的说明
尊敬的[对方单位/个人名称]：
我方在核对与贵方签订的[合同名称及编号]相关财务资料时，发现合同金额、发票金额与结算单金额存在不一致的情况。现就此问题作出如下详细说明：
一、情况概述
合同金额：根据双方签订的合同，合同总金额为[具体金额]元。
发票金额：我方已向贵方开具的发票总金额为[具体金额]元，与合同金额存在[差异金额]元的差异。
结算单金额：经双方确认的结算单显示，最终结算金额为[具体金额]元，与合同金额及发票金额均存在差异。
二、差异原因分析
合同调整：在合同履行过程中，因[具体原因，如设计变更、工程量增减等]，双方协商一致对合同金额进行了调整，并签订了补充协议（如有），但发票开具时可能未及时更新或存在误差。
发票开具错误：在开具发票过程中，由于[具体原因，如操作失误、信息传递错误等]，导致发票金额与合同或实际结算金额不符。
结算依据变更：结算单金额的确定可能基于实际完成的工作量、市场价格波动等因素，与合同预估金额存在差异。
三、处理措施
核对与确认：我方已与贵方进行了详细核对，确认了上述差异的存在及原因。双方同意以结算单金额作为最终结算依据。
发票调整：对于发票金额与结算单金额不符的情况，我方将根据贵方要求，及时开具红字发票进行冲销，并重新开具正确金额的发票。
补充协议：如合同金额因调整而发生变化，且尚未签订补充协议的，我方将与贵方尽快签订补充协议，明确调整后的合同金额及双方权利义务。
未来改进：为避免类似情况再次发生，我方将加强内部管理，确保合同、发票与结算单金额的一致性，并在合同履行过程中及时与贵方沟通确认相关变更。
四、结论
本次合同金额、发票金额与结算单金额的不一致，主要是由于[总结差异原因]所致。经双方友好协商，已就最终结算金额达成一致，并明确了后续处理措施。我方将严格按照约定执行，确保双方权益得到保障。
感谢贵方的理解与支持，如有任何疑问或需要进一步沟通，请随时与我方联系。
[公司名称] [日期]
希望这份说明模板能对您有所帮助。在撰写说明时，请务必确保内容真实、准确、完整，并体现出双方友好协商、解决问题的积极态度。