合同金额和借款金额不一致时，结清证明金额的填写应遵循“以实际履行金额为准”的原则，具体分情况说明如下：

1. 若借款金额小于合同金额，但双方已按借款金额实际履行
   例如：合同约定借款100万元，但实际仅支付80万元，且双方无补充协议或争议。此时结清证明应填写实际借款金额80万元，并注明“双方确认实际借款金额为80万元，已全部结清”。
   法律依据：根据《民法典》第六百七十九条，自然人之间的借款合同自贷款人提供借款时成立。实际履行金额是合同生效的核心依据，超出部分未履行的，不产生法律效力。

2. 若借款金额大于合同金额，但超出部分未实际支付
   例如：合同约定借款50万元，但出借人单方主张借款60万元（其中10万元未支付）。此时结清证明仍应填写合同金额50万元，并明确“双方确认借款金额以合同约定为准，实际履行50万元，已结清”。
   风险提示：若出借人主张超出合同金额的部分，需提供借款人书面确认的证据（如补充协议、借条等），否则可能被认定为“砍头息”或无效条款。

3. 若双方对金额存在争议，需先通过协商或诉讼确认实际金额
   例如：借款人主张已归还部分款项，但出借人否认，导致结清金额无法达成一致。此时应暂停出具结清证明，先通过协商、调解或诉讼确认实际欠款金额，再根据生效法律文书填写结清证明。
   操作建议：可要求对方提供转账记录、收条等证据，或委托第三方审计机构核验资金流向，避免因金额错误引发后续纠纷。

总结：结清证明的金额必须与实际履行的金额一致，否则可能因“虚假证明”承担法律责任。若金额存在争议，务必先解决争议再出具证明。如有具体案例或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合细节提供更精准的建议。