在二审管辖权异议期间，若原告撤回起诉，法院通常会裁定准许撤诉，并终结案件的管辖权异议审查程序。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，原告在案件审理过程中有权撤回起诉。这是原告处分自己诉讼权利的一种表现。
- 当原告撤回起诉时，法院应当对撤诉申请进行审查，并作出是否准许的裁定。若准许撤诉，则案件终结，不再继续审理。
管辖权异议的审查与终结：
- 管辖权异议是当事人对法院管辖权提出的异议，旨在确保案件由有管辖权的法院审理。
- 在二审期间，若原告撤回起诉，则案件的审理程序终结，管辖权异议的审查也随之终结。因为案件已不存在，无需再对管辖权进行审查。
二、实际操作与流程
原告提交撤诉申请：
- 原告需向法院提交书面的撤诉申请，明确表示愿意撤回起诉。
法院审查撤诉申请：
- 法院会对撤诉申请进行审查，主要审查撤诉是否出于原告的真实意思表示，以及撤诉是否会损害国家、集体或他人的合法权益。
作出裁定并终结程序：
- 若法院审查后认为撤诉申请符合法律规定，则会作出准许撤诉的裁定，并终结案件的审理程序，包括管辖权异议的审查程序。
三、特殊情况与注意事项
撤诉后的再起诉：
- 原告撤回起诉后，若再次就同一事实和理由提起诉讼，法院可能会根据具体情况决定是否受理。一般来说，若撤诉未违反法律规定且未损害他人权益，法院会受理再起诉。但需注意，撤诉后再次起诉的，诉讼时效可能会重新计算（具体需根据法律规定和案件情况判断）。
管辖权异议的独立性：
- 尽管原告撤回起诉会导致管辖权异议审查程序的终结，但管辖权异议本身是一个独立的法律程序。若原告未撤回起诉，法院仍需对管辖权异议进行审查，并作出裁定。
法院对撤诉的自由裁量权：
- 法院在审查撤诉申请时，拥有一定的自由裁量权。若法院认为撤诉可能损害国家、集体或他人的合法权益，或撤诉并非出于原告的真实意思表示，则可能不准许撤诉。
总结来说，在二审管辖权异议期间，若原告撤回起诉，法院通常会裁定准许撤诉，并终结案件的管辖权异议审查程序。这是基于原告处分自己诉讼权利的原则以及案件审理程序的需要。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。