管辖权异议二审可以撤回异议申请。具体分析如下：

在司法实践中，被告提出管辖权异议后，原告可能会选择撤诉。此时，从法理而言，受理案件法院应先对管辖权异议这一程序性事项进行处理，然后再由有管辖权的法院审查撤诉申请是否合法。但为了提高司法效率，也可以考虑让被告先撤回管辖权异议，然后再准许原告撤回起诉。

在管辖权异议上诉案件的审理过程中，若一审法院作出了准许撤回起诉的裁定，二审法院面临的选择主要有两种：一是直接终结审查，不再继续审理管辖权异议上诉案件；二是继续审查，直至作出裁定。前者被视为更优解，因为管辖权异议裁定的上诉本质上是对程序性问题的审查，一旦一审法院准许撤诉，意味着实体案件的基础已不存在，继续审理管辖权异议失去意义。直接裁定终结审查能有效节约司法资源，减轻当事人诉累。

综上所述，管辖权异议二审期间，被告是可以撤回异议申请的，且这一操作在实践中并不少见，一定程度上能够尽快定分止争，减少当事人诉累，达到节约司法资源的效果。如有进一步的法律问题，欢迎直接向我咨询。