在刑事案件中，当检察机关建议不起诉时，案件的后续处理会根据不起诉的具体类型及案情而有所不同。以下是对这一问题的详细解答：
一、不起诉的类型及原因
检察机关建议不起诉主要分为三种类型：绝对不起诉（法定不起诉）、相对不起诉（酌定不起诉）和存疑不起诉（证据不足不起诉）。
绝对不起诉：
- 原因：犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形，如情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪，犯罪已过追诉时效等。
- 处理：若犯罪嫌疑人在押，应立即释放并发给释放证明；同时解除取保候审、监视居住等其他强制措施。刑事诉讼程序就此终止，案件不会进入审判阶段。
相对不起诉：
- 原因：犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚，如犯罪嫌疑人具有自首、立功等情节。
- 处理：
- 公开宣布不起诉决定，并将决定书送达被不起诉人、其所在单位、被害人及其近亲属、诉讼代理人等。
- 立即释放在押的被不起诉人，解除其他强制措施。
- 对被不起诉人进行训诫、责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失等。
- 如需给予行政处罚、处分或没收违法所得，应提出检察意见移送相关主管机关处理。
- 被害人对不起诉决定不服的，可在收到决定书后七日内向上一级检察院申诉，或直接向人民法院起诉。
存疑不起诉：
- 原因：经过二次补充侦查，证据仍然不足，不符合起诉条件。
- 处理：
- 立即释放在押人员，解除其他强制措施。
- 若发现新证据且符合起诉条件，检察院可重新提起公诉。
- 公安机关对不起诉决定有异议的，可提出复议、复核申请。
二、通用处理流程
无论哪种类型的不起诉，检察机关都会遵循以下通用处理流程：
制作与宣布不起诉决定书：
- 检察机关根据案件情况和法律规定制作不起诉决定书，并公开宣布。
解除强制措施与财物处理：
- 释放被羁押人员，解除对涉案财物的扣押、冻结。对于与犯罪行为无关的财物，应及时返还被不起诉人或其家属；若属于被害人合法财产，应及时返还被害人。
移送主管机关与复议复核：
- 涉及行政违法行为的案件移送相关主管机关处理。
- 公安机关对不起诉决定有异议的，可申请复议、复核。
申诉复查：
- 被害人或被不起诉人对不起诉决定不服的，可提出申诉，检察机关进行复查并依法处理。
三、建议与注意事项
及时咨询专业律师：
- 面对检察机关建议不起诉的情况，当事人应及时咨询专业律师，以明确后续法律程序和自身权益保护措施。
了解不起诉决定的法律后果：
- 不起诉决定并不意味着案件完全终结，特别是存疑不起诉的情况下，若发现新证据，检察院仍可能重新提起公诉。
积极配合检察机关的工作：
- 无论是不起诉决定的接受还是申诉、复议等程序的进行，当事人都应积极配合检察机关的工作，提供必要的证据和材料。
综上所述，检察机关建议不起诉后，案件的后续处理需严格遵循法律规定和程序。当事人应及时了解不起诉的类型及原因，遵循通用处理流程，并咨询专业律师以明确后续法律程序和权益保护措施。