合同中约定审计后付款，在符合一定条件下是合法的，双方应当遵守；但在特定情形下，该约定可能不被完全执行。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法且应遵守的情形
双方真实意思表示且合法合规：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方当事人真实意思表示，且内容不违反法律法规的强制性规定时，合同有效成立。若双方在合同中自愿约定以审计结果作为付款条件，且这一约定未违反法律的强制性规定，那么该约定对双方具有法律约束力，双方应当遵守。
- 例子：甲乙两公司签订了一份建设工程合同，约定工程完工后，由双方共同委托的第三方审计机构进行审计，审计结果作为最终结算和付款的依据。这样的约定是合法且有效的。
审计程序合法合规：
- 审计工作需按照合同约定的审计方法、审计机构、审计流程等进行，确保审计结果的公正性和权威性。若审计程序合法合规，那么按照合同约定以审计结果作为付款条件进行款项支付，是符合契约精神和法律规定的。
- 建议：双方在约定审计条款时，应明确审计机构的选择方式、审计流程、审计期限等，以确保审计程序的合法性和合规性。
二、不应完全遵守的特殊情形
审计不合理延迟：
- 若因一方（通常是负有配合审计义务的一方）故意拖延导致审计工作无法按时完成，使得付款条件迟迟无法成就，这种情况下，机械地等待审计结果是不公平的。法院可能会基于公平原则判令付款方支付相应款项。
- 例子：在上述建设工程合同中，若乙方故意拖延提交审计所需资料，导致审计工作无法按时完成，甲方因此拒绝支付工程款。此时，法院可能会根据公平原则，判令甲方支付部分或全部工程款。
审计存在错误或违法：
- 当有证据证明审计过程存在严重错误、审计机构不具备资质或者审计人员违反职业道德等违法违规情形时，合同约定的以该审计结果为付款条件的条款可能不被法院支持。当事人可以通过申请重新审计等方式来确定合理的付款金额。
- 建议：若发现审计存在错误或违法情形，应及时收集证据，并向法院或仲裁机构申请重新审计或鉴定。
显失公平：
- 在合同履行过程中，如果出现不可抗力、政策重大调整等不可预见、不可避免的因素，导致按照审计结果付款会产生显失公平的后果，法院可能会对合同约定的付款条件进行适当调整。
- 例子：在合同履行过程中，因政策调整导致原材料价格大幅上涨，若仍按照原审计结果付款，将对一方造成显失公平的后果。此时，法院可能会根据实际情况对付款条件进行适当调整。
三、实际操作中的注意事项
- 及时履行：审计完成后，付款方应当及时按照审计结果支付款项，避免不必要的纠纷。
- 争议解决：如果因审计结果产生争议，双方应当通过协商、调解或诉讼等方式解决争议，确保合同的顺利履行。
- 制定应对措施：双方在约定以审计为付款条件时，应当充分考虑可能遇到的问题，并制定相应的应对措施，如约定审计期限、审计错误的处理方式等，以确保合同的可行性和可操作性。
总结来说，合同中约定审计后付款在双方自愿且未违反法律强制性规定的情况下是有效的，双方应当遵守。但在实际操作中，也需要注意审计程序的合法性、及时性以及争议解决等问题，并根据具体情况灵活应对。若你遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。