针对您提出的“在应急车道违停两次怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、违停应急车道的法律基础与处罚原则
违停应急车道是严重的交通违法行为，它违反了《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》中关于机动车在高速公路上行驶时不得在应急车道内停车的规定。对于此类行为，法律明确规定了罚款、扣分等处罚措施，旨在维护道路交通安全和畅通。
二、具体处罚内容
罚款：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，违停应急车道的行为可处警告或者二十元以上二百元以下的罚款。实际处罚金额可能因具体情况和地区差异而有所不同，但通常会在这一范围内。
- 如果违停行为引发了交通事故或交通拥堵，部分地区可能会提高罚款金额，以体现对违法行为的严厉打击。
扣分：
- 驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶或停车的，一次通常记6分。这是根据公安部《机动车驾驶证申领与使用规定》来执行的。
- 需要注意的是，如果驾驶人在实习期内被记满12分，将直接注销实习准驾车型资格；其他驾驶人被记满12分的，则需参加满分学习考试并暂扣驾驶证。对于您提到的违停两次的情况，如果每次都被记6分，那么总共将记12分，需要按照上述规定处理。
其他处罚：
- 对于不听从现场民警劝阻，强行占用应急车道的，可处一千元以上二千元以下罚款，并可以并处十五日以下拘留。
- 对于党政机关、企事业单位车辆违法占用应急车道的，公安部门还会抄告其所属单位纪委、监察部门，以加强内部管理和监督。
三、特殊情况说明
- 如果车辆因突发故障（如爆胎、发动机故障）等紧急情况，迫不得已需要在应急车道停车，并且按照规定采取了相应的安全措施（如开启危险报警闪光灯、设置警告标志等），这种情况下通常不属于违法停车行为，不会受到处罚。但需要注意的是，这种情况下的停车必须是迫不得已的，并且必须采取足够的安全措施以确保自身和他人的安全。
四、建议与提醒
- 驾驶员应充分了解应急车道的正确使用方法，并在行驶过程中严格遵守交通规则，避免随意占用应急车道。
- 如果确实需要停车，应尽量选择服务区或停车区等合法停车地点，以确保道路交通安全和畅通。
- 如果因违停行为受到处罚，应认真对待并按时处理，以免产生更严重的后果。
综上所述，违停应急车道两次将面临罚款、扣分等处罚措施。驾驶员应严格遵守交通规则，确保自身和他人的安全。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。