结论前置：针对公司车员工违章离职不处理扣分的问题，可以从以下几个角度分析和处理：

1. 明确违章责任主体
   根据《道路交通安全法》及相关规定，交通违章行为的责任主体是实际驾驶人。若员工在离职前驾驶公司车辆发生违章，原则上应由该员工承担扣分及罚款责任。公司作为车辆所有人，可要求离职员工配合处理违章，否则可能面临车辆年检受阻、行政处罚等风险。

2. 公司内部管理措施

   • 入职/离职手续完善：公司应在员工入职时明确驾驶公司车辆的规章制度，要求员工签署《交通安全责任书》，约定违章处理方式（如自行处理或公司代扣分后从工资扣除罚款）。离职时，应将违章处理作为交接环节之一，未处理的可暂缓办理离职手续。
     
   • 证据留存：公司需保留违章记录（如交警通知单、监控录像、行车记录仪数据等），证明违章发生时驾驶人为离职员工，避免后续纠纷。

3. 法律追责途径
   若员工拒不处理违章，公司可采取以下措施：

   • 劳动仲裁：若公司规章制度或劳动合同中明确约定员工需承担驾驶期间的违章责任，可申请劳动仲裁要求员工赔偿罚款及公司因违章产生的损失（如代办费用、滞纳金等）。
     
   • 民事诉讼：若损失超出劳动仲裁范围（如车辆被扣导致的运营损失），可直接向法院起诉，要求员工承担侵权责任。
     
   • 行政协助：向交警部门说明情况，提供员工身份信息及违章证据，申请将扣分直接记录至实际驾驶人名下（部分地区支持此操作）。

4. 特殊情况处理

   • 员工已离职且无法联系：公司可先行处理违章（如委托第三方代办），保留费用凭证，后续通过法律途径追偿。
     
   • 公司承担责任后的追偿：若公司为避免车辆被扣等紧急情况先行处理违章，事后仍可向员工追偿，但需注意诉讼时效（一般为3年）。

建议：公司应加强车辆使用管理，例如安装GPS定位、定期核查违章记录，并在员工离职时明确告知其未处理违章的后果。若已发生纠纷，建议根据具体情况选择上述途径解决，必要时可进一步向我咨询具体操作流程。