核心结论：竣工验收后发现施工单位未按图纸施工且已超过质保期，可先通过协商解决；协商不成，可依据合同条款和法律规定，通过诉讼或仲裁追究施工单位责任，但可能面临举证困难和责任承担方式受限等问题。以下是具体分析：

核心前提

用户作为建设单位或相关权益方，在工程竣工验收后，发现施工单位存在未按图纸施工的情况，且此时已经超过了合同约定的质保期，想要了解如何维护自身合法权益。

具体分析

1. 协商解决
   • 依据与可行性：虽然超过了质保期，但施工单位未按图纸施工本身属于违约行为。从维护合作关系和高效解决问题的角度出发，可以先尝试与施工单位进行友好协商。向施工单位指出其未按图纸施工的具体问题，要求其采取补救措施，如进行整改以达到图纸要求，或者给予一定的经济补偿。
   • 操作建议：在协商过程中，要注意保留好相关证据，如竣工验收报告、施工图纸、现场照片、沟通记录等，以便在协商不成时为后续的法律途径提供支持。同时，明确提出自己的合理诉求，如整改的期限、补偿的金额等，并要求施工单位以书面形式回复，确保协商结果具有可执行性。
2. 诉讼或仲裁
   • 依据：如果协商无法达成一致，建设单位可以依据与施工单位签订的施工合同，向法院提起诉讼或者根据合同中的仲裁条款申请仲裁。根据《民法典》等相关法律规定，施工单位应当按照合同约定和设计图纸进行施工，未按图纸施工构成违约，应当承担违约责任，包括继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等。
   • 面临的问题及应对
     • 举证困难：由于已经超过质保期，一些证据可能难以收集或保存完整。例如，施工过程中的一些中间记录、材料检验报告等可能已经丢失。为了应对这一问题，建设单位在发现问题的第一时间，应当及时固定证据，如委托专业的鉴定机构对工程质量进行鉴定，确定未按图纸施工的具体情况和造成的损失；收集现场照片、视频等资料，直观展示施工与图纸的差异。
     • 责任承担方式受限：超过质保期后，要求施工单位承担继续履行或采取补救措施的责任可能会受到一定限制。因为随着时间的推移，工程可能已经投入使用，进行整改可能会对使用功能、周边环境等造成较大影响。在这种情况下，建设单位可以主要主张赔偿损失，包括因未按图纸施工导致的工程质量问题造成的修复费用、使用功能降低造成的经济损失等。在诉讼或仲裁过程中，要准确计算损失金额，并提供相应的证据支持。

在处理此类问题时，情况较为复杂，如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你详细解答。