国企与国企之间合作交保证金，在符合法律法规和双方合同约定的情况下，是合法的。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、法律层面
保证金性质与合法性：
- 保证金通常作为合同履行的一种担保方式，旨在确保合同一方能够按照约定履行其义务。在国企与国企的合作中，如果双方通过合同明确约定了保证金的支付、退还条件及方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种保证金安排是合法的。
相关法律法规：
- 《中华人民共和国民法典》中关于合同担保的相关规定，为保证金等担保方式提供了法律依据。只要保证金的支付和退还等条款不违反民法典等法律法规的强制性规定，即视为合法。
- 此外，国企作为市场主体，其经营活动还需遵守《中华人民共和国公司法》等相关法律法规，但这些法律并未直接禁止国企之间合作时支付保证金。
二、合同层面
合同自由原则：
- 根据合同自由原则，国企与国企之间在平等自愿的基础上，可以就合作事项签订合同，并约定包括保证金在内的各项条款。只要合同内容合法、有效，且双方均按照合同约定履行义务，那么保证金安排就是合法的。
合同条款的明确性：
- 为了确保保证金的合法性和有效性，双方应在合同中明确保证金的支付金额、支付方式、支付时间、退还条件及方式等关键条款。这有助于避免后续因保证金问题产生的纠纷。
三、实践层面
国企合作的常见做法：
- 在国企与国企的合作中，支付保证金作为一种风险防控措施，是较为常见的做法。特别是在涉及重大项目合作、长期合作或需要一方承担较大风险的情况下，保证金可以作为一种有效的担保方式，保障合作的顺利进行。
注意事项：
- 国企在支付保证金时，应确保资金来源合法，且支付行为符合内部财务管理规定。
- 双方应定期对保证金的支付和退还情况进行核对和确认，以确保账目清晰、准确。
- 如发生保证金纠纷，双方应首先通过友好协商解决；协商不成的，可以依法通过诉讼或仲裁等方式解决。
四、特殊情况
- 如果国企与国企之间的合作涉及国家秘密、国家安全或重大公共利益等特殊情况，那么保证金的支付和退还等安排可能需要受到更严格的监管和审批。在这种情况下，双方应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保合作合法合规。
总结与建议：国企与国企之间合作交保证金，在符合法律法规和双方合同约定的情况下，是合法的。为了确保保证金的合法性和有效性，双方应在合同中明确相关条款，并严格遵守法律法规和内部财务管理规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。