关于公司员工因违反规章制度被罚款是否违法的问题，这确实是一个需要细致分析的情况，不能一概而论。以下是我为您提供的详细解答：
一、罚款的违法性基础
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位并不具备对劳动者进行经济处罚（即罚款）的直接权利。这两部法律主要侧重于保护劳动者的权益，并未赋予用人单位罚款的权力。罚款作为一种行政处罚手段，其设定权通常属于法律、法规和规章，企业规章制度无权擅自设立罚款项目。
二、罚款可能违法的情形
缺乏法律依据：如果企业规章制度中未明确规定罚款事项，或者罚款的依据与法律法规相抵触，那么这种罚款行为很可能构成违法。
程序不当：罚款决定应遵循一定的程序，如调查取证、听取员工陈述申辩等。如果未经这些法定程序即对员工进行罚款，也属于违法行为。
滥用罚款权：企业如果将罚款作为管理手段滥用，比如动辄罚款、罚款金额过高、以罚代管等，不仅损害员工权益，还可能触犯法律。
侵犯员工财产权：罚款实质上是对员工财产的剥夺。如果罚款无合法依据或程序不当，将构成对员工财产权的侵犯。
三、合法替代方案与特殊情况
尽管公司不能对员工进行罚款，但可以通过其他合法方式来规范员工行为：
制定合法有效的规章制度：公司可以制定合法有效的规章制度来规范员工行为，这些规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示。在规章制度中，可以设定对于某些违规行为的相应处理措施，如警告、记过、降职等，但这些措施不应涉及直接的经济罚款。不过，如果规章制度中明确规定了因特定违规行为而扣除一定比例的工资作为惩戒（例如旷工扣除当日工资），并且这一规定符合法定程序，那么这种扣除可能被视为合理。
员工给公司造成经济损失：当员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司有权要求员工进行赔偿。在这种情况下，公司可以从员工工资中扣除相应赔偿金额，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
四、员工权益保护与建议
作为员工，在面对公司可能的违法罚款时，应积极维护自身合法权益。如果认为公司存在违法罚款行为，可以向劳动保障监察部门投诉，要求公司支付克扣的工资，并可能要求加付赔偿金。此外，员工还可以通过劳动仲裁或诉讼等途径来寻求法律帮助和救济。
对于公司而言，建议完善规章制度，明确违规行为的处理措施，并确保这些措施不违反法律法规的强制性规定。同时，加强沟通与培训，让员工了解企业的规章制度和违规处理政策，增强员工的合规意识。在处理复杂的违规问题时，建议咨询专业的劳动法律师或法律顾问的意见，以确保处理方式的合法性和有效性。
综上所述，公司员工因违反规章制度被罚款在大多数情况下是违法的。公司应通过制定合法有效的规章制度和管理措施来规范员工行为，并在必要时采取合法的经济扣减措施（如赔偿损失）。同时，员工也应了解自身权益，积极维护合法权益不受侵犯。