结论：从药店辞职后，执业药师证是否由老板归还，这主要取决于您与药店之间的约定以及相关法律法规的规定。一般情况下，若执业药师证系您个人所有，药店无权扣留，应当归还。以下从不同角度为您详细分析：
一、执业药师证的归属问题
个人所有：执业药师证是您通过考试取得的资格证书，属于您的个人财产。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有平等就业和选择职业的权利，以及取得劳动报酬、休息休假、获得劳动安全卫生保护、接受职业技能培训、享受社会保险和福利、提请劳动争议处理的权利等。因此，您有权要求药店归还您的执业药师证。
单位协助办理：若执业药师证是在药店工作期间，由药店协助您办理或挂靠的，这并不改变证书的归属。药店只是协助您完成了证书的办理或挂靠手续，证书的所有权仍然属于您。
二、药店扣留执业药师证的可能情况及应对
合同约定：若您与药店签订的劳动合同或相关协议中明确约定了离职后执业药师证的归属或处理方式，那么双方应按照约定执行。但请注意，任何违反法律法规强制性规定的约定都是无效的。例如，若合同中约定离职后药店有权扣留执业药师证作为违约金或赔偿，这种约定是违法的，您有权拒绝并要求药店归还证书。
无合法依据扣留：若药店无合法依据扣留您的执业药师证，您可以通过以下途径维护自己的权益：
三、法律建议
保留证据：在离职前，建议您保留好与执业药师证相关的所有证据，如证书原件、办理手续的相关文件、与药店的沟通记录等。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。
了解法律法规：在维权前，建议您先了解相关的法律法规，明确自己的权益和义务。这样有助于您在维权过程中更加有理有据地主张自己的权利。
寻求专业帮助：若您在维权过程中遇到困难或不确定如何操作，建议您及时咨询专业律师或法律机构，以获取更加专业和具体的法律建议。
最后，执业药师证是您的重要职业资格证书，对于您的职业发展具有重要意义。因此，在离职时，请务必确保自己的证书得到妥善保管和归还。若遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。